Exponenta Banner
exponenta event banner

Класс GFFAnnotation

Суперклассы:

Содержать аннотации в формате GFF

Описание

GFFAnnotation содержит аннотации для одной или нескольких последовательностей ссылок, соответствующих формату файла GFF.

Вы создаете GFFAnnotation из файла в формате GFF- или GTF. Каждый элемент в объекте представляет аннотацию. Используйте свойства и методы объекта для фильтрации аннотаций по элементу, последовательности привязок или положению последовательности привязок. Используйте методы объектов для извлечения данных для подмножества аннотаций в массив структур.

Строительство

Annotobj = GFFAnnotation(File) конструкции Annotobj, a GFFAnnotation объект, из File, файл в формате GFF- или GTF.

Входные аргументы

File

Символьный вектор или строка, задающая файл в формате GFF- или GTF.

Свойства

FieldNames

Массив ячеек символьных векторов, задающих имена доступных полей данных для каждой аннотации в GFFAnnotation объект. Это свойство доступно только для чтения.

NumEntries

Целое число, указывающее количество аннотаций в GFFAnnotation объект. Это свойство доступно только для чтения.

Методы

getDataСоздание структуры, содержащей подмножество данных из GFFAnnotation
getFeatureNamesПолучение уникальных имен элементов из GFFAnnotation объект
getIndexВозврат массива индексов аннотаций из GFFAnnotation объект
getRangeИзвлечение диапазона аннотаций из GFFAnnotation объект
getReferenceNamesПолучение имен ссылок из GFFAnnotation объект
getSubsetПолучение подмножества элементов из GFFAnnotation объект

Копирование семантики

Значение. Сведения о том, как классы значений влияют на операции копирования, см. в разделе Копирование объектов.

Индексация

GFFAnnotation объекты поддерживают точку. индексирование для извлечения свойств.

Примеры

Построить GFFAnnotation объект из файла в формате GFF с Toolbox™ биоинформатики:

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff')
GFFAnnotObj = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {'Reference'  'Start'  'Stop'  'Feature'  'Source'  'Score'  'Strand'  'Frame'  'Attributes'}
    NumEntries: 3331

Построить GFFAnnotation объект из файла в формате GTF, поставляемого с панелью инструментов биоинформатики:

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')
GFFAnnotObj = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {'Reference'  'Start'  'Stop'  'Feature'  'Source'  'Score'  'Strand'  'Frame'  'Attributes'}
    NumEntries: 308

См. также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка