Суперклассы:
Содержать аннотации формата переноса генов (GTF)
GTFAnnotation содержит аннотации для одной или нескольких последовательностей ссылок, соответствующих формату файла GTF.
Вы создаете GTFAnnotation из файла в формате GTF. Каждый элемент в объекте представляет аннотацию. Используйте свойства и методы объекта для фильтрации аннотаций по элементу, последовательности привязок или положению последовательности привязок. Используйте методы объектов для извлечения данных для подмножества аннотаций в массив структур.
Annotobj = GTFAnnotation(File)Annotobj, a GTFAnnotation объект, из File, файл в формате GTF.
|
Символьный вектор или строка, задающая файл в формате GTF. |
|
Массив ячеек символьных векторов, задающих имена доступных полей данных для каждой аннотации в |
|
Целое число, указывающее количество аннотаций в |
| getData | Создание структуры, содержащей подмножество данных из GTFAnnotation объект |
| getExons | Таблица возврата экзонов из GTFAnnotation объект |
| getFeatureNames | Получение уникальных имен элементов из GTFAnnotation объект |
| getGeneNames | Получить уникальные имена генов из GTFAnnotation объект |
| getGenes | Таблица возврата уникальных генов в GTFAnnotation объект |
| getIndex | Возврат массива индексов аннотаций из GTFAnnotation объект |
| getRange | Извлечение диапазона аннотаций из GTFAnnotation объект |
| getReferenceNames | Получение имен ссылок из GTFAnnotation объект |
| getSegments | Таблица возврата неперекрывающихся сегментов из GTFAnnotation объект |
| getSubset | Создать объект, содержащий подмножество элементов из GTFAnnotation объект |
| getTranscriptNames | Получение уникальных имен транскриптов из GTFAnnotation объект |
| getTranscripts | Таблица возврата уникальных транскриптов в GTFAnnotation объект |
Значение. Сведения о том, как классы значений влияют на операции копирования, см. в разделе Копирование объектов.
GTFAnnotation объекты поддерживают точку. индексирование для извлечения свойств.
Построить GTFAnnotation объект из файла в формате GTF с Toolbox™ биоинформатики:
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')GTFAnnotObj =
GTFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x11 cell}
NumEntries: 308