Преобразование аминокислотной последовательности в нуклеотидную последовательность
SeqNT = aa2nt(SeqAA)
SeqNT = aa2nt(SeqAA, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)
SeqNT = aa2nt(SeqAA, ...'Alphabet' AlphabetValue, ...)
SeqAA | Одно из следующих:
Примеры: |
GeneticCodeValue | Целое число, символьный вектор или строка, указывающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию: Совет При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени. |
AlphabetValue | Символьный вектор или строка, задающая нуклеотидный алфавит. Возможны следующие варианты:
|
SeqNT | Нуклеотидная последовательность, определяемая символьным вектором буквенных кодов. |
SeqNT = aa2nt(SeqAA)SeqAASeqNT, используя стандартный генетический код.
В общем, картирование от аминокислоты к нуклеотидному кодону не является картированием один к одному. Для аминокислот с множественными возможными нуклеотидными кодонами эта функция случайным образом выбирает кодон, соответствующий этой конкретной аминокислоте. Для неоднозначных символов B и Z, одна из аминокислот, соответствующих букве, выбирается случайным образом, а затем последовательность кодонов выбирается случайным образом. Для многозначного персонажа Xпоследовательность кодонов выбирается случайным образом из всех возможностей.
SeqNT = aa2nt(SeqAA, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)aa2nt с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
определяет генетический код для использования при преобразовании аминокислотной последовательности в нуклеотидную последовательность. SeqNT = aa2nt(SeqAA, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)GeneticCodeValue может быть целым числом, символьным вектором или строкой, указывающей кодовый номер или кодовое имя из таблицы Генетический код. По умолчанию: 1 или 'Standard'. Картирование аминокислотно-нуклеотидного кодона для стандартного генетического кода показано в таблице Стандартный генетический код.
Совет
При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени.
SeqNT = aa2nt(SeqAA, ...'Alphabet' AlphabetValue, ...)AlphabetValue может быть 'DNA', в котором используются символы A, C, G, и T, или 'RNA', в котором используются символы A, C, G, и U. По умолчанию: 'DNA'.
Генетический код
| Кодовый номер | Кодовое имя |
|---|---|
1 | Standard |
2 | Vertebrate Mitochondrial |
3 | Yeast Mitochondrial |
4 | Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial, и Mycoplasma/Spiroplasma |
5 | Invertebrate Mitochondrial |
6 | Ciliate, Dasycladacean, и Hexamita Nuclear |
9 | Echinoderm Mitochondrial |
10 | Euplotid Nuclear |
11 | Bacterial и Plant Plastid |
12 | Alternative Yeast Nuclear |
13 | Ascidian Mitochondrial |
14 | Flatworm Mitochondrial |
15 | Blepharisma Nuclear |
16 | Chlorophycean Mitochondrial |
21 | Trematode Mitochondrial |
22 | Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
23 | Thraustochytrium Mitochondrial |
Стандартный генетический код
| Название аминокислоты | Аминокислотный код | Нуклеотидный кодон |
|---|---|---|
| Аланин | A | GCT GCC GCA GCG |
| Аргинин | R | CGT CGC CGA CGG AGA AGG |
| Аспарагин | N | AAT AAC |
| Аспарагиновая кислота (аспартат) | D | GAT GAC |
| Цистеин | C | TGT TGC |
| Глютамин | Q | CAA CAG |
| Глутаминовая кислота (глутамат) | E | GAA GAG |
| Глицин | G | GGT GGC GGA GGG |
| Гистидин | H | CAT CAC |
| Изолейцин | I | ATT ATC ATA |
| Лейцин | L | TTA TTG CTT CTC CTA CTG |
| Лизин | K | AAA AAG |
| Метионин | M | ATG |
| Фенилаланин | F | TTT TTC |
| Пролин | P | CCT CCC CCA CCG |
| Серин | S | TCT TCC TCA TCG AGT AGC |
| Треонин | T | ACT ACC ACA ACG |
| Триптофан | W | TGG |
| Тирозин | Y | TAT, TAC |
| Валин | V | GTT GTC GTA GTG |
| Аспарагин или аспарагиновая кислота (аспартат) | B | Случайный кодон из D и N |
| Глутамин или глутаминовая кислота (глутамат) | Z | Случайный кодон из E и Q |
| Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) | X | Случайный кодон |
| Остановка перевода | * | TAA TAG TGA |
| Разрыв неопределенной длины | - | --- |
| Неизвестный символ (любой символ или символ, отсутствующий в таблице) | ? | ??? |
aminolookup | baselookup | geneticcode | nt2aa | rand | revgeneticcode | seqviewer