exponenta event banner

HeatMap

Объект, содержащий свойства отображения матрицы и тепловой карты

Описание

HeatMap функция создает HeatMap объект. Объект можно использовать для отображения тепловой карты (2-D цветного изображения) матричных данных.

Создание

Описание

пример

hmObj = HeatMap(data) отображает тепловую карту (2-D цветное изображение) data и возвращает объект, содержащий данные и графические свойства.

пример

hmObj = HeatMap(data,Name,Value) задает свойства объекта, используя пары имя-значение. Например, HeatMap(data,'Annotate',true) отображает значения данных в тепловой карте. Можно указать несколько пар имя-значение. Заключите каждое имя свойства в кавычки.

Входные аргументы

развернуть все

Данные тепловой карты, указанные как объект DataMatrix или числовая матрица.

Аргументы пары «имя-значение»

Чтобы задать свойства объекта, используйте аргументы пары имя-значение, разделенные запятыми. Заключите каждое имя свойства в отдельные кавычки.

Пример: hm = HeatMap(data,'Colormap',redbluecmap,'Annotate',true)

Свойства

развернуть все

Измерение для стандартизации значений данных, указанное как символьный вектор, строка или положительное целое число. Возможны следующие варианты:

  • 'column' или 1 - Стандартизация по столбцам данных.

  • 'row' или 2 - Стандартизация по строкам данных.

  • 'none' или 3 - Не стандартизируйте.

При указании 'column' или 'row'функция преобразует стандартизированные значения таким образом, что среднее значение равно 0, а стандартное отклонение равно 1 в указанном измерении.

Пример: 'column'

Типы данных: double | char | string

Флажок, чтобы сделать цветовую шкалу тепловой карты симметричной вокруг нуля, указанной как true или false.

Пример: false

Типы данных: logical

Отображение диапазона стандартизированных значений, заданного как положительный скаляр. Значение по умолчанию - максимальное абсолютное значение на входе data.

Например, при указании 3, существует изменение цвета для значений между -3 и 3, но значения больше, чем 3 имеют тот же цвет, что и 3, и значения меньше, чем -3 имеют тот же цвет, что и -3.

Например, при указании redgreencmap для 'Colormap' свойство, чистый красный цвет представляет значения, превышающие или равные указанному значению диапазона отображения, а чистый зеленый цвет представляет значения, меньшие или равные отрицательному значению указанного диапазона отображения.

Пример: 3

Типы данных: double

цвета тепловой карты, заданные в виде матрицы из трех столбцов (M-by-3) со значениями красно-зелено-синего цвета (RGB) или именем дескриптора функции, который возвращает карту цветов, например redgreencmap или redbluecmap.

Карта цветов по умолчанию: redgreencmap, в котором красный представляет значения выше среднего, черный представляет среднее, а зеленый представляет значения ниже среднего значения строки (гена) во всех столбцах (образцах).

Пример: redbluecmap

Типы данных: double | char

Имя дескриптора функции или функции для вычисления отсутствующих данных, указанного как символьный вектор или массив ячеек. Если указан массив ячеек, первый элемент должен быть именем функции или дескриптора функции, а остальные элементы должны быть парами имя-значение, используемыми в качестве входных данных функции. Отсутствующие точки данных окрашены в серый цвет в тепловой карте.

Если точки данных отсутствуют, это свойство можно использовать для вычисления отсутствующих значений.

Пример: 'func1'

Типы данных: char

Метки столбцов, заданные как строковый вектор, массив ячеек символьных векторов или числовой вектор. Размер вектора должен соответствовать количеству столбцов на входе data.

Пример: ["sample1","sample2","sample3"]

Типы данных: double | string | cell

Метки строк, заданные как строковый вектор, массив ячеек символьных векторов или числовой вектор. Размер вектора должен соответствовать количеству строк на входе data.

Пример: ["gene1","gene2","gene3"]

Типы данных: double | string | cell

Ориентация меток столбцов, заданная как числовой скаляр. Задайте значение поворота в градусах (положительные углы вызывают поворот против часовой стрелки).

Пример: 30

Типы данных: double

Ориентация меток строк, заданная как числовой скаляр. Задайте значение поворота в градусах (положительные углы вызывают поворот против часовой стрелки).

Пример: 30

Типы данных: double

Флажок для отображения значений данных в тепловой карте, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

Отображение точности значений данных в тепловой карте, указанных как числовой скаляр. Количество цифр точности по умолчанию: 2.

Пример: 3

Типы данных: double

Цвет текста отображаемых значений данных в тепловой карте, указанный как символьный вектор, строка или трехэлементный числовой вектор. Например, для использования голубого можно ввести [0 1 1], 'c', "c", "cyan", или 'cyan'. Дополнительные сведения см. в разделе Параметры цвета.

Пример: 'red'

Типы данных: char | string | double

Предупреждение

Это свойство будет удалено в следующем выпуске. Набор LabelsWithMarkers кому true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Информация о цвете меток столбцов, заданная как структура или массив структуры.

Для одной структуры необходимо указать следующие поля:

  • Labels - Массив ячеек символьных векторов, определяющих метки столбцов, перечисленных в ColumnLabels собственность.

  • Colors - символьный вектор или строка, задающая цвет для меток столбцов. Если это поле пустое, используется цвет по умолчанию (черный).

Для массива структуры необходимо указать один элемент в каждом поле для каждой структуры.

  • Labels - символьный вектор или строка, указывающая метку столбца, указанную в ColumnLabels собственность.

  • Colors - символьный вектор или строка, задающая цвет для меток столбцов. Если это поле пустое, используется цвет по умолчанию (черный).

Дополнительные сведения об указании цветов см. в разделе Параметры цвета.

Типы данных: struct

Предупреждение

Это свойство будет удалено в следующем выпуске. Набор LabelsWithMarkers кому true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Информация о цвете меток строк, заданная как структура или массив структуры.

Для одной структуры она должна иметь следующие поля.

  • Labels - Массив ячеек символьных векторов, задающих метки строк, перечисленные в RowLabels собственность.

  • Colors - символьный вектор или строка, задающая цвет для меток строк. Если это поле пустое, используется цвет по умолчанию (черный).

Для массива структуры каждая структура должна иметь один элемент в каждом поле.

  • Labels - символьный вектор или строка, указывающая метку строки, указанную в RowLabels собственность.

  • Colors - символьный вектор или строка, задающая цвет для меток строк. Если это поле пустое, используется цвет по умолчанию (черный).

Дополнительные сведения об указании цветов см. в разделе Параметры цвета.

Флажок для отображения цветных маркеров вместо цветного текста для меток строк и столбцов, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

Функции объекта

viewОтображение тепловой карты или кластерграммы
plotТонировать тепловую карту или кластерграмму
addTitleДобавить заголовок в тепловую карту или кластерграмму
addXLabelМетка оси X тепловой карты или кластерграммы
addYLabelМетка оси Y тепловой карты или кластерграммы

Примеры

свернуть все

Создайте матрицу данных.

data = gallery('invhess',20);

Отображение тепловой карты данных 2-D цвета.

hmo = HeatMap(data);
             Standardize: '[column | row | {none}]'
               Symmetric: '[true | false].'
            DisplayRange: 'Scalar.'
                Colormap: []
               ImputeFun: 'string -or- function handle -or- cell array'
            ColumnLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
               RowLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
      ColumnLabelsRotate: []
         RowLabelsRotate: []
                Annotate: '[on | {off}]'
          AnnotPrecision: []
              AnnotColor: []
       ColumnLabelsColor: 'A structure array.'
          RowLabelsColor: 'A structure array.'
       LabelsWithMarkers: '[true | false].'
    ColumnLabelsLocation: '[ top | {bottom} ]'
       RowLabelsLocation: '[ {left} | right ]'

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains an object of type image.

Отображение значений данных в тепловой карте.

hmo.Annotate = true;
view(hmo)

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 401 objects of type image, text.

Используйте plot функция для отображения тепловой карты на другой фигуре, указанной маркером изображения fH.

fH = figure;
hA = plot(hmo,fH);

Figure contains an axes. The axes contains 401 objects of type image, text.

Использовать дескриптор возвращаемых осей hA для задания свойств осей.

hA.Title.String = 'Inverse of an Upper Hessenberg Matrix';
hA.XTickLabelMode = 'auto';
hA.YTickLabelMode = 'auto';

Figure contains an axes. The axes with title Inverse of an Upper Hessenberg Matrix contains 401 objects of type image, text.

Загрузите образец данных экспрессии генов.

load bc_train_filtered

Отображение тепловой карты значений экспрессии генов для 4918 генов из 78 образцов.

hmo = HeatMap(bcTrainData.Log10Ratio);
             Standardize: '[column | row | {none}]'
               Symmetric: '[true | false].'
            DisplayRange: 'Scalar.'
                Colormap: []
               ImputeFun: 'string -or- function handle -or- cell array'
            ColumnLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
               RowLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
      ColumnLabelsRotate: []
         RowLabelsRotate: []
                Annotate: '[on | {off}]'
          AnnotPrecision: []
              AnnotColor: []
       ColumnLabelsColor: 'A structure array.'
          RowLabelsColor: 'A structure array.'
       LabelsWithMarkers: '[true | false].'
    ColumnLabelsLocation: '[ top | {bottom} ]'
       RowLabelsLocation: '[ {left} | right ]'

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Добавьте заголовок к тепловой карте красным цветом.

title = addTitle(hmo,'Gene Expression Data','Color','red');

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Измените размер шрифта заголовка.

title.FontSize = 12;

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Добавьте метки к осям X и Y.

addXLabel(hmo,'Samples','FontSize',12);
addYLabel(hmo,'Genes','FontSize',12);

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Подробнее

развернуть все

Представлен в R2009b