Объект, содержащий данные анализа иерархической кластеризации
clustergram функция создает clustergram объект. Объект содержит данные анализа иерархической кластеризации, которые можно просмотреть в тепловой карте и дендрограмме.
cgObj = clustergram( выполняет анализ иерархической кластеризации для значений в data)data. Возвращенный объект кластерграммы cgObj содержит данные анализа и отображает дендрограмму и тепловую карту.
cgObj = clustergram( задает свойства объекта, используя пары имя-значение. Например, data,Name,Value)clustergram(data,'Standardize','column') стандартизирует значения по столбцам данных. Можно указать несколько пар имя-значение. Заключите каждое имя свойства в кавычки.
Загрузить данные микрочипов, содержащие уровни экспрессии генов Saccharomyces cerevisiae (дрожжей) во время метаболического перехода от ферментации к дыханию [1].
load filteredyeastdata
Этот файл MAT включает три переменные, которые добавляются в рабочую область MATLAB ®:
- yeastvalues - Матрица данных экспрессии генов Saccharomyces, -_cerevisiae_ во время метаболического сдвига от ферментации к дыханию - genes - Массив ячеек регистрационных номеров GenBank ® для маркировки строк вyeastvalues - times - вектор значений времени для маркировки столбцов в yeastvalues
Создайте объект clustergram для отображения тепловой карты из данных экспрессии генов в первых 30 строках yeastvalues создать матрицу и стандартизировать вдоль строк данных.
cgo = clustergram(yeastvalues(1:30,:),'Standardize','Row')
Clustergram object with 30 rows of nodes and 7 columns of nodes.
Используйте set метод и genes и times векторы для добавления значимых меток строк и столбцов в кластерграмму.
set(cgo,'RowLabels',genes(1:30),'ColumnLabels',times)
Добавьте цветовую панель в кластер, щелкнув значок Insert Colorbar на панели инструментов.
Просмотрите подсказку данных, содержащую значение интенсивности, метку строки и метку столбца для определенной области карты теплопередачи, щелкнув значок Data Cursor на панели инструментов, затем щелкните область на тепловой карте. Чтобы удалить эту подсказку, щелкните ее правой кнопкой мыши и выберите Delete Current Datatip.
Отобразите значения интенсивности для каждой области карты теплопередачи, нажав кнопку Аннотации (Annotate) на панели инструментов. Снова нажмите кнопку Аннотации (Annotate), чтобы удалить значения интенсивности.
Tip: If the amount of data is large enough, the cells within the clustergram are too small to display the intensity annotations. Zoom in to see the intensity annotations.
Удалите диаграммы дерева дендрограмм из рисунка, нажав кнопку Show Dendrogram на панели инструментов. Щелкните его еще раз, чтобы отобразить дендрограммы.
Используйте get метод отображения свойств объекта clustergram, cgo.
get(cgo)
Cluster: 'ALL'
RowPDist: {'Euclidean'}
ColumnPDist: {'Euclidean'}
Linkage: {'Average'}
Dendrogram: {}
OptimalLeafOrder: 1
LogTrans: 0
DisplayRatio: [0.2000 0.2000]
RowGroupMarker: []
ColumnGroupMarker: []
ShowDendrogram: 'on'
Standardize: 'ROW'
Symmetric: 1
DisplayRange: 3
Colormap: [11x3 double]
ImputeFun: []
ColumnLabels: {1x7 cell}
RowLabels: {30x1 cell}
ColumnLabelsRotate: 90
RowLabelsRotate: 0
Annotate: 'off'
AnnotPrecision: 2
AnnotColor: 'w'
ColumnLabelsColor: []
RowLabelsColor: []
LabelsWithMarkers: 0
Измените параметры кластеризации, изменив метод связывания и цвет групп узлов в дендрограмме, связь которых меньше порога 3.
set(cgo,'Linkage','complete','Dendrogram',3)
Поместите курсор на узел ветви в дендрограмме, чтобы выделить (синим цветом) группу, связанную с ней. Нажмите и удерживайте кнопку мыши для отображения подсказки с указанием номера группы и узлов (генов или образцов) в группе.
Щелкните правой кнопкой мыши узел ветви в дендрограмме, чтобы отобразить меню опций.
Доступны следующие опции:
- Set Group Color - изменение цвета группы кластера. - Print Group to Figure - печать группы в окне рисунка. - Копировать группу в новую кластерграмму - копировать группу в новое окно кластерграммы. - Экспортировать группу в рабочую область - создание объекта кластерграммы группы в рабочей области MATLAB. - Экспортировать информацию о группе в рабочую область - создание структуры, содержащей информацию о группе в рабочей области MATLAB. Структура содержит следующие поля:
- GroupNames - массив ячеек символьных векторов, содержащих имена групп строк или столбцов. - RowNodeNames - массив ячеек символьных векторов, содержащих имена узлов строк. - ColumnNodeNames - массив ячеек символьных векторов, содержащих имена узлов столбцов. - ExprValues - матрица M-на-N значений интенсивности, где M и N - количество узлов строк и узлов столбцов соответственно. Если матрица содержит данные экспрессии генов, обычно каждая строка соответствует гену, а каждая колонка соответствует образцу.
Создайте объект кластерграммы для группы 18 в рабочей области MATLAB. Щелкните правой кнопкой мыши группу 18 и выберите Экспортировать группу в рабочую область. В диалоговом окне «Экспорт в рабочую область» введите Group18и нажмите кнопку «ОК».
Используйте view метод просмотра объекта clustergram, Group18.
view(Group18)
Просмотрите все данные экспрессии генов с помощью расходящейся красной и синей карты цветов и стандартизируйте вдоль рядов данных.
cgo_all = clustergram(yeastvalues,'Colormap',redbluecmap,'Standardize','Row')
Clustergram object with 614 rows of nodes and 7 columns of nodes.
Создайте массивы структуры, чтобы задать цвета маркеров и аннотации для двух групп строк (510 и 593) и двух групп столбцов (4 и 5).
rm = struct('GroupNumber',{510,593},'Annotation',{'A','B'},... 'Color',{'b','m'}); cm = struct('GroupNumber',{4,5},'Annotation',{'Time1','Time2'},... 'Color',{[1 1 0],[0.6 0.6 1]});
Используйте RowGroupMarker и ColumnGroupMarker свойства для добавления цветовых маркеров и аннотаций к кластерграмме.
set(cgo_all,'RowGroupMarker',rm,'ColumnGroupMarker',cm)
[1] DeRisi, J. L. «Исследование метаболического и генетического контроля экспрессии генов в геномном масштабе». Наука 278, № 5338 (24 октября 1997): 680-86.