Создание графика анализа основных компонентов (PCA) данных микрочипов
mapcaplot( создает 2-е диаграммы рассеяния основных компонентов data)data. После построения графика основных компонентов можно выполнить следующие действия.
Выберите основные компоненты для осей x и y в раскрывающемся списке под каждым графиком рассеяния.
Щелкните точку данных, чтобы отобразить ее метку.
Выберите подмножество точек данных, перетащив вокруг них рамку. Затем подсвечиваются точки в выбранной области и соответствующие точки в других осях. Метки выбранных точек данных отображаются в списке.
Выберите метку в списке, чтобы выделить соответствующую точку данных на графике. Для выбора нескольких точек данных нажмите и удерживайте клавишу Ctrl или Shift.
Экспортируйте метки и индексы генов в рабочую область MATLAB ®.
Создайте график PCA для визуализации генов, участвующих во время метаболического сдвига от ферментации к дыханию дрожжей (Saccharomyces cerevisiae).
Загрузите файл данных, содержащий отфильтрованные данные дрожжевых микрочипов. Данные получены в эксперименте (DeRisi et al., 1997), в котором использовались ДНК-микрочипы для изучения временной экспрессии генов этих генов. Уровни экспрессии измеряли в семь временных точек во время диауксического сдвига.
load filteredyeastdataЭтот MAT-файл включает три переменные:
yeastvalues - матрица данных экспрессии генов Saccharomyces cerevisiae (дрожжи) во время метаболического сдвига от ферментации к дыханию
гены - клеточный массив регистрационных номеров GenBank ® для маркировки строк в дрожжевых значениях
times - вектор значений времени для маркировки столбцов в дрожжевых значениях;
Выполните PCA для данных выражения и постройте график результата.
mapcaplot(yeastvalues, genes)
Выберите подмножество точек данных, перетащив вокруг них рамку. Точки данных подсвечиваются, и их соответствующие метки отображаются в окне «Выбранные данные». Затем можно экспортировать выбранные данные в рабочую область, выбрав Экспортировать (Export).
[1] ДеРиси, Дж. Л., Айер, В.Р., и Браун, П.О. (1997). Изучение метаболического и генетического контроля экспрессии генов в геномном масштабе. Научный 278, 680 - 686с.
clustergram | mattest | mavolcanoplot | pca