Exponenta Banner
exponenta event banner

getnewickstr (фитри)

Создание вектора символов в формате Newick

Синтаксис

nwk = getnewickstr(Tree)
getnewickstr(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue)
getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue)

Аргументы

TreeОбъект Phytree, созданный с помощью функции phytree.
DistancesValueСвойство для управления, включающее или исключающее расстояния в выходных данных. Введите либо true (включая расстояния) или false (исключить расстояния). По умолчанию: true.
BranchNamesValueСвойство для управления, включающее или исключающее имена ветвей в выходных данных. Введите либо true (включить имена ветвей) или false (исключить имена ветвей). По умолчанию: false.

Описание

nwk = getnewickstr(Tree) возвращает форматированный Ньюиком вектор символов объекта филогенетического дерева (Tree).

getnewickstr(..., 'PropertyName', PropertyValue,...) определяет дополнительные свойства, используя пары имя/значение свойства.

getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue), когда DistancesValue является false, исключает расстояния от выхода.

getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue), когда BranchNamesValue является true, включает имена ветвей в выходные данные.

Примеры

  1. Создайте несколько случайных последовательностей.

    seqs = int2nt(ceil(rand(10)*4));

  2. Рассчитайте попарные расстояния.

    dist = seqpdist(seqs,'alpha','nt');

  3. Построить филогенетическое дерево.

    tree = seqlinkage(dist);

  4. Получение вектора символов в формате Newick.

    nwk  = getnewickstr(tree)

Ссылки

Сведения о формате дерева Newick. 

https://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html

См. также

| | | | | | |

Темы

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка