Exponenta Banner
exponenta event banner

probelibraryinfo

Создание таблицы информации библиотеки набора зондов

свернуть все на странице

Синтаксис

ProbeInfo = probelibraryinfo(CELStruct, CDFStruct)

Входные аргументы

CELStruct Структура, созданная affyread из файла Affymetrix ® CEL .
CDFStructСтруктура, созданная affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, связанного с файлом CEL.

Выходные аргументы

ProbeInfoМатрица из трех столбцов с тем же количеством строк, что и Probes области CELStruct.

  • Столбец 1 - идентификатор набора зондов/имя, к которому принадлежит зонд. (Зонды, не принадлежащие набору зондов в файле библиотеки CDF, имеют идентификатор набора зондов/имя, равное 0.)

  • Столбец 2 - содержит номер пары зондов.

  • Столбец 3 - указывает, является ли зонд идеальным (1) или несоответствие (-1) зонд.

Описание

ProbeInfo = probelibraryinfo(CELStruct, CDFStruct) создает таблицу информации, связывающую данные зонда из CELStruct, структура, созданная из файла Affymetrix CEL, с информацией о наборе зондов из CDFStructструктура, созданная из файла Affymetrix CDF.

Примечание

Индексация пары зондов Affymetrix 0-based, в то время как индексация программного обеспечения MATLAB ® 1-основа. Выходные данные probelibraryinfo является 1-основа.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий

В этом примере показано, как извлечь информацию о библиотеке набора зондов из данных микрочипов Affymetrix ® GeneChip ®.

В этом примере используются данные образца из антисмыслового массива генома E. coli. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT с помощью инструмента передачи данных.

Также необходимо загрузить файл Ecoli_ASv2.CDF библиотеки для антисмыслового массива генома кишечной палочки. У вас уже могут быть эти файлы, если на вашем компьютере установлено какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip. Если нет, получите файлы библиотеки, загрузив и распаковав zip-файл E.coli Antisense Genome Array.

Считывание содержимого CEL-файла в структуру MATLAB.

celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');

Считывание содержимого CDF-файла в структуру MATLAB.

cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');

Извлеките данные библиотеки набора зондов.

probeInfo = probelibraryinfo(celStruct, cdfStruct);

Определите набор зондов, к которому относится 1104-й зонд.

cdfStruct.ProbeSets(probeInfo(1104,1)).Name

ans =

    'thrA_b0002_at'

См. также

| | | | |

Темы

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка