Установить значения интенсивности зонда Plot Affymetrix
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS, ...'GeneName', GeneNameValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS, ...'Field', FieldValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS, ...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)
CELStruct | Структура, созданная affyread из файла Affymetrix ® CEL . |
CDFStruct | Структура, созданная affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, связанного с файлом CEL. |
PS | Индекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов. |
GeneNameValue | Определяет, используется ли имя набора зондов или имя гена для названия графика. Варианты: true или false (по умолчанию).Примечание |
FieldValue | Символьный вектор или строка, указывающая тип данных для печати. Возможны следующие варианты:
|
ShowStatsValue | Управляет включением в график линий среднего и стандартного отклонения. Варианты: true или false (по умолчанию). |
probesetplot( строит график значений интенсивности PM (идеальное соответствие) и MM (несовпадение) для указанного набора зондов. CELStruct, CDFStruct, PS)CELStruct - структура, созданная affyread из файла Affymetrix CEL. CDFStruct - структура, созданная affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, связанного с файлом CEL. PS - индекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов.
Примечание
Использование программного обеспечения MATLAB ®1- индексирование для номеров наборов зондов, в то время как файл Affymetrix CDF использует 0- индексация на основе номеров наборов зондов. Например, CDFStruct.ProbeSets(1) имеет ProbeSetNumber из 0 в ProbePairs поле.
probesetplot( требования CELStruct, CDFStruct, PS, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)probesetplot с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
probesetplot( контролирует, используется ли имя набора зондов или имя гена для названия графика. Варианты: CELStruct, CDFStruct, PS, ...'GeneName', GeneNameValue, ...)true или false (по умолчанию).
Примечание
'GeneName' свойство требует, чтобы файл библиотеки GIN, связанный с файлами CEL и CDF, находился в той же папке, что и файл библиотеки CDF, из которой CDFStruct был создан.
probesetplot( указывает тип данных для печати. Возможны следующие варианты: CELStruct, CDFStruct, PS, ...'Field', FieldValue, ...)
'Intensity' (по умолчанию)
'StdDev'
'Background'
'Pixels'
'Outlier'
probesetplot( определяет, включены ли в график линии среднего и стандартного отклонения. Варианты: CELStruct, CDFStruct, PS, ...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)true или false (по умолчанию).
В этом примере используются данные образца из антисмыслового массива генома E. coli. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT с помощью инструмента передачи данных.
Также необходимо загрузить файл Ecoli_ASv2.CDF библиотеки для антисмыслового массива генома кишечной палочки. У вас уже могут быть эти файлы, если на вашем компьютере установлено какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip. Если нет, получите файлы библиотеки, загрузив и распаковав zip-файл E.coli Antisense Genome Array.
Считывание содержимого CEL-файла в структуру MATLAB.
celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');
Считывание содержимого CDF-файла в структуру MATLAB.
cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');
Постройте график PM и MM значения интенсивности argG_b3172_at набор зондов, включая среднее и стандартное отклонение.
probesetplot(celStruct, cdfStruct, 'argG_b3172_at','showstats', true)
affyread | celintensityread | probesetlink | probesetlookup | probesetvalues