probesetlookup

Поиск информации для набора зондов Affymetrix

Синтаксис

PSStruct = probesetlookup(AffyStruct, ID)

Входные аргументы

`AffyStruct`	Структура, созданная `affyread` функция из файла Affymetrix ® CHP или файла библиотеки Affymetrix CDF для анализа выражений .
`ID`	Символьный вектор, строка, строковый вектор или клеточный массив символьных векторов, задающих один или несколько идентификаторов/имен наборов зондов или идентификаторов генов.

Выходные аргументы

PSStruct

Структура или массив структур, содержащих следующие поля для набора зондов:

Identifier - Идентификатор гена, связанный с набором зондов
ProbeSetName - Идентификатор/имя набора зондов
CDFIndex - Индекс в структуру CDF для комплекта зондов
GINIndex - Индекс в структуру GIN для комплекта зондов
Description - Описание комплекта зондов
Source - Источник (ы) набора зондов
SourceURL - URL-адреса источника для набора зондов

Описание

PSStruct = probesetlookup(AffyStruct, ID) возвращает структуру или массив структур, содержащих информацию для набора зондов Affymetrix, указанного ID, символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько идентификаторов/имен наборов зондов или идентификаторов генов, и AffyStructструктура, созданная из файла Affymetrix CHP или файла библиотеки Affymetrix CDF для анализа выражений.

Примечание

Эта функция работает только с CHP-файлами и CDF-файлами для анализа выражений. Требуется, чтобы файл библиотеки GIN, связанный с файлом CHP или CDF, находился в той же папке, что и файл библиотеки CDF.

Примеры

В следующем примере используется файл библиотеки CDF из массива E.coli Antisense Genome, который можно загрузить из:

https://www.affymetrix.com/support/technical/sample_data/demo_data.affx

В следующем примере предполагается, что Ecoli_ASv2.CDF файл библиотеки хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\Ecoli.

Считывание содержимого файла библиотеки CDF в структуру MATLAB ®.
```
cdfStruct = affyread('D:\Affymetrix\LibFiles\Ecoli\Ecoli_ASv2.CDF');
```

Найдите идентификатор гена (Identifier), связанные с argG_b3172_at набор зондов.

probesetlookup(cdfStruct,'argG_b3172_at')

ans = 

      Identifier: '3315278'
    ProbeSetName: 'argG_b3172_at'
        CDFIndex: 5213
        GINIndex: 3074
     Description: [1x82 char]
          Source: 'NCBI EColi Genome'
       SourceURL: [1x74 char]

См. также

Представлен до R2006a

Документация