exponenta event banner

probesetlink

Отображение информации о наборе зондов на веб-сайте NetAffx

Синтаксис

probesetlink(AffyStruct, PS)
URL = probesetlink(AffyStruct, PS)
probesetlink(AffyStruct, PS, ...'Source', SourceValue, ...)
probesetlink(AffyStruct, PS, ...'Browser', BrowserValue, ...)
URL = probesetlink(AffyStruct, PS, ...'NoDisplay', NoDisplayValue, ...)

Входные аргументы

AffyStruct Структура, созданная affyread функция из файла Affymetrix ® CHP или файла библиотеки Affymetrix CDF .
PSИндекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов.
SourceValueУправляет привязкой к источнику данных (например, GenBank ® или Flybase) для набора зондов (вместо привязки к веб-сайту NetAffx™). Варианты: true или false (по умолчанию).

Примечание

Это свойство требует, чтобы файл библиотеки GIN, связанный с файлом CHP или CDF, находился в той же папке, что и файл библиотеки CDF.

BrowserValueУправляет отображением информации о наборе датчиков в веб-браузере системы по умолчанию. Варианты: true или false (по умолчанию).
NoDisplayValueУправляет возвратом URL без открытия веб-браузера. Варианты: true или false (по умолчанию).

Выходные аргументы

URLURL-адрес для информации набора зондов.

Описание

probesetlink(AffyStruct, PS) открывает окно Web Browser, в котором отображается информация на веб-сайте NetAffx о наборе зондов, указанном PS, индекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов, и AffyStructструктура, созданная из файла Affymetrix CHP или файла библиотеки Affymetrix CDF.

URL = probesetlink(AffyStruct, PS) также возвращает URL-адрес (ссылка на веб-сайт NetAffx) для информации набора зондов.

probesetlink(AffyStruct, PS, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования probesetlink с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

probesetlink(AffyStruct, PS, ...'Source', SourceValue, ...) управляет привязкой к источнику данных (например, GenBank или Flybase) для набора зондов (вместо привязки к веб-сайту NetAffx). Варианты: true или false (по умолчанию).

Примечание

'Source' свойство требует, чтобы файл библиотеки GIN, связанный с файлом CHP или CDF, находился в той же папке, что и файл библиотеки CDF.

probesetlink(AffyStruct, PS, ...'Browser', BrowserValue, ...) управляет отображением информации о наборе зондов в веб-браузере по умолчанию. Варианты: true или false (по умолчанию).

URL = probesetlink(AffyStruct, PS, ...'NoDisplay', NoDisplayValue, ...) управляет возвратом URL-адреса без открытия веб-браузера. Варианты: true или false (по умолчанию).

Примечание

Веб-сайт NetAffx требует регистрации и ввода имени пользователя и пароля.

Примеры

свернуть все

В этом примере используются данные образца из антисмыслового массива генома E. coli. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT с помощью инструмента передачи данных.

Также необходимо загрузить файлы Ecoli_ASv2.CDF и Ecoli-antisense-121502.CHP для массива генома E.coli Antisense. У вас уже могут быть эти файлы, если на вашем компьютере установлено какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip. Если нет, получите файлы библиотеки, загрузив и распаковав zip-файл E.coli Antisense Genome Array.

Считывание содержимого CHP-файла в структуру MATLAB при условии, что соответствующий CDF-файл хранится в C:\LibFiles.

chpStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CHP','C:\LibFiles');

Отображение информации с веб-сайта NetAffx для argG_b3172_at набор зондов.

probesetlink(chpStruct,'argG_b3172_at')
Представлен до R2006a