revgeneticcode

Обратное отображение возврата (аминокислота к нуклеотидному кодону) для генетического кода

Синтаксис

Map = revgeneticcode Map = revgeneticcode(GeneticCode) Map = revgeneticcode(..., 'Alphabet', AlphabetValue, ...) Map = revgeneticcode(..., 'ThreeLetterCodes', ThreeLetterCodesValue, ...)

Входные аргументы

`GeneticCode`	Целое число, символьный вектор или строка, указывающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию: `1` или `'Standard'`. Совет При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени.
`AlphabetValue`	Символьный вектор или строка, указывающая нуклеотидный алфавит, используемый на карте. Возможны следующие варианты: `'DNA'` (по умолчанию) - использует символы `A`, `C`, `G`, и `T`. `'RNA'` - Использует символы `A`, `C`, `G`, и `U`.
`ThreeLetterCodesValue`	Контролирует использование трехбуквенных аминокислотных кодов в качестве имен полей в структуре возврата `Map`. Варианты: `true` для трехбуквенных кодов или `false` для однобуквенных кодов. По умолчанию: `false`.

Выходные аргументы

Map Структура, содержащая обратное отображение аминокислот на нуклеотидные кодоны для стандартного генетического кода. Map структура содержит поле для каждой аминокислоты.

Описание

Map = revgeneticcode возвращает структуру, содержащую обратное отображение аминокислот на нуклеотидные кодоны для стандартного генетического кода. Map структура содержит поле для каждой аминокислоты.

Map = revgeneticcode(GeneticCode) возвращает структуру, содержащую обратное отображение аминокислот на нуклеотидные кодоны для указанного генетического кода. GeneticCode является либо:

Целое число, символьный вектор или строка, указывающая кодовый номер или кодовое имя из таблицы Генетический код
transl_table (код) номер с веб-страницы NCBI, описывающий генетические коды:
```
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c
```

Совет

При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени.

Map = revgeneticcode(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования revgeneticcode с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

Map = revgeneticcode(..., 'Alphabet', AlphabetValue, ...) указывает нуклеотидный алфавит, используемый на карте. AlphabetValue может быть 'DNA', в котором используются символы A, C, G, и T, или 'RNA', в котором используются символы A, C, G, и U. По умолчанию: 'DNA'.

Map = revgeneticcode(..., 'ThreeLetterCodes', ThreeLetterCodesValue, ...) контролирует использование трехбуквенных аминокислотных кодов в качестве имен полей в структуре возврата Map. ThreeLetterCodesValue может быть true для трехбуквенных кодов или false для однобуквенных кодов. По умолчанию: false.

Генетический код

Кодовый номер	Кодовое имя
`1`	`Standard`
`2`	`Vertebrate Mitochondrial`
`3`	`Yeast Mitochondrial`
`4`	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
`5`	`Invertebrate Mitochondrial`
`6`	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
`9`	`Echinoderm Mitochondrial`
`10`	`Euplotid Nuclear`
`11`	`Bacterial` и `Plant Plastid`
`12`	`Alternative Yeast Nuclear`
`13`	`Ascidian Mitochondrial`
`14`	`Flatworm Mitochondrial`
`15`	`Blepharisma Nuclear`
`16`	`Chlorophycean Mitochondrial`
`21`	`Trematode Mitochondrial`
`22`	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
`23`	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Примеры

Вернуть обратное отображение аминокислот на нуклеотидные кодоны для Standard генетический код.

map = revgeneticcode

map = 

      Name: 'Standard'
         A: {'GCT'  'GCC'  'GCA'  'GCG'}
         R: {'CGT'  'CGC'  'CGA'  'CGG'  'AGA'  'AGG'}
         N: {'AAT'  'AAC'}
         D: {'GAT'  'GAC'}
         C: {'TGT'  'TGC'}
         Q: {'CAA'  'CAG'}
         E: {'GAA'  'GAG'}
         G: {'GGT'  'GGC'  'GGA'  'GGG'}
         H: {'CAT'  'CAC'}
         I: {'ATT'  'ATC'  'ATA'}
         L: {'TTA'  'TTG'  'CTT'  'CTC'  'CTA'  'CTG'}
         K: {'AAA'  'AAG'}
         M: {'ATG'}
         F: {'TTT'  'TTC'}
         P: {'CCT'  'CCC'  'CCA'  'CCG'}
         S: {'TCT'  'TCC'  'TCA'  'TCG'  'AGT'  'AGC'}
         T: {'ACT'  'ACC'  'ACA'  'ACG'}
         W: {'TGG'}
         Y: {'TAT'  'TAC'}
         V: {'GTT'  'GTC'  'GTA'  'GTG'}
     Stops: {'TAA'  'TAG'  'TGA'}
    Starts: {'TTG'  'CTG'  'ATG'}

Вернуть обратное отображение аминокислот на нуклеотидные кодоны для генетического кода Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial и Mycoplasma/Spiroplasma, используя алфавит рнк.
```
moldmap = revgeneticcode(4,'Alphabet','rna');
```
Вернуть обратное отображение аминокислот на нуклеотидные кодоны для Flatworm Mitochondrial генетического кода, используя трехбуквенные коды для названий полей в обратной структуре.
```
wormmap = revgeneticcode('Flatworm Mitochondrial',...
                          'ThreeLetterCodes',true);
```

Ссылки

[1] Веб-страница NCBI, описывающая генетические коды:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c

См. также

aa2nt | aminolookup | baselookup | geneticcode | nt2aa

Представлен до R2006a

Документация