baselookup

Поиск нуклеотидных кодов, целых чисел, имен и дополнений

Синтаксис

baselookup baselookup('Complement', SeqNT) baselookup('Code', CodeValue) baselookup('Integer', IntegerValue) baselookup('Name', NameValue)

Аргументы

`SeqNT`	Нуклеотидная последовательность (последовательности), представленная одним из следующих: Символьный вектор или строка, содержащая однобуквенные коды из таблицы Nucleotide Lookup Клеточный массив последовательностей Двумерный символьный массив последовательностей Примечание Если входным является множество последовательностей, дополнение для каждой последовательности определяется независимо.
`CodeValue`	Нуклеотидный буквенный код, представленный одним из следующих: Символьный вектор или строка, задающая однобуквенный код, представляющий нуклеотид. Допустимые однобуквенные коды см. в таблице «Поиск нуклеотидов». Массив ячеек буквенных кодов. Двумерный символьный массив буквенных кодов.
`IntegerValue`	Одно целое число, представляющее нуклеотид. Допустимые целые числа см. в таблице «Поиск нуклеотидов».
`NameValue`	Нуклеотидное название, представленное одним из следующих: Символьный вектор или строка, указывающая нуклеотидное имя. Допустимые названия нуклеотидов см. в таблице Nucleotide Lookup. Массив имен ячеек. Двумерный символьный массив имен.

Описание

baselookup отображает таблицу нуклеотидных кодов, целых чисел, имен и дополнений.

Поиск нуклеотидов

Кодекс	Целое число	Название нуклеотида	Значение	Дополнение
`A`	`1`	Аденин	`A`	`T`
`C`	`2`	Цитозин	`C`	`G`
`G`	`3`	Гуанин	`G`	`C`
`T`	`4`	Тимин	`T`	`A`
`U`	`4`	Урацил	`U`	`A`
`R`	`5`	Пурин	`A` или `G`	`Y`
`Y`	`6`	Пиримидин	`C` или `T`	`R`
`K`	`7`	Keto	`G` или `T`	`M`
`M`	`8`	Аминопласт	`A` или `C`	`K`
`S`	`9`	Сильное взаимодействие (связи 3H)	`C` или `G`	`S`
`W`	`10`	Слабое взаимодействие (связи 2Н)	`A` или `T`	`W`
`B`	`11`	Нет `A`	`C` или `G` или `T`	`V`
`D`	`12`	Нет `C`	`A` или `G` или `T`	`H`
`H`	`13`	Нет `G`	`A` или `C` или `T`	`D`
`V`	`14`	Нет `T` или `U`	`A` или `C` или `G`	`B`
`N`, `X`	`15`	Любой нуклеотид	`A` или `C` или `G` или `T` или `U`	`N`
`-`	`16`	Разрыв неопределенной длины	Промежуток	`-`

baselookup('Complement', SeqNT) отображает комплементарную нуклеотидную последовательность.

baselookup('Code', CodeValue) отображает соответствующее значение и нуклеотидное имя. Для неоднозначных нуклеотидных кодов (R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V, N, и X), нуклеотидное имя является описательным именем.

baselookup('Integer', IntegerValue) отображает соответствующий буквенный код, значение и имя нуклеотида.

baselookup('Name', NameValue) отображает соответствующий буквенный код, значение и нуклеотидное имя или описательное имя.

Примеры

свернуть все

Преобразование нуклеотидной последовательности в ее комплементарную последовательность

Открыть сценарий в реальном времени

baselookup('Complement', 'TAGCTGRCCAAGGCCAAGCGAGCTTN')

ans = 
    'ATCGACYGGTTCCGGTTCGCTCGAAN
     '

Отображение значения и нуклеотидного имени или описательного названия нуклеотидных кодов G и Y.

baselookup('Code', 'G')

ans = 
    'G	Guanine
     '

baselookup('Code', 'Y')

ans = 
    'T|C	pYrimidine
     '

Отображение кода нуклеотидной буквы, значения и имени нуклеотида или описательного имени для целых чисел 1 и 7.

baselookup('Integer', 1)

ans = 
    'A	A - Adenine
     '

baselookup('Integer', 7)

ans = 
    'K	G|T - Keto
     '

Отображение соответствующего кода нуклеотидной буквы, значения и названия цитозина и пурина.

baselookup('Name','cytosine')

ans = 
    'C	C - Cytosine
     '

baselookup('Name','purine')

ans = 
    'R	G|A - puRine
     '

См. также

Представлен до R2006a

Документация