Объект, содержащий информацию о отсеке
Объект отсека SimBiology ® представляет контейнер для видов в модели. Размер отсека может изменяться или оставаться постоянным во время моделирования. Все модели должны иметь хотя бы один отсек, и все виды в модели должны быть назначены отсеку. Имена отсеков должны быть уникальными в модели.
Отсеки позволяют определить размер (Capacity) физически изолированных регионов, которые могут повлиять на моделирование, и ассоциированных пулов видов в этих регионах. Можно указать или изменить Capacity с использованием правил, событий и вариантов, аналогичных количествам видов или значениям параметров.
Объект модели хранит отсеки в виде плоского списка. В каждом отсеке хранится информация о собственной организации; другими словами, отсек имеет информацию о том, в каком отсеке он находится (Owner) и кто его содержит (Compartments).
Плоский список отсеков в объекте модели позволяет изменять способ организации отсеков в модели без отмены каких-либо выражений.
Чтобы добавить виды, которые участвуют в реакциях, добавьте реакцию в модель с помощью addreaction способ. При определении реакции с новым видом:
Если в модели нет объектов-отсеков, addreaction создает объект-отсек (вызывается ') в модели и добавляет вновь созданные виды в это отделение.unnamed'
Если в модели существует только один объект-отсек, метод создает видовой объект в этом отсеке.
Если в модели имеется более одного объекта-отсека, необходимо определить имя вида с именем отсека.
Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить вид с именем glucose в отсек с именем cell. Дополнительно, если отсек назван cell не существует, процесс добавления реакции создает отсек и называет его cell.
Также можно создать и добавить видовой объект к объекту-отсеку с помощью addspecies в командной строке.
При использовании рабочего стола SimBiology для создания новой модели добавляется пустой отсек (unnamed), к которому можно добавить виды.
Можно указать реакции, которые пересекаются с помощью синтаксиса compartment1Name.species1Namecompartment2Name.species2Name
Кроме того, если реакция обратима, то есть два случая:
Если кинетический закон MassActionи размеры скорости реакции представляют собой концентрацию/время, тогда продукты должны быть из того же отделения.
Если кинетический закон не MassAction, то и реагенты, и продукты должны находиться в одном и том же отсеке.
Ссылки на страницы ссылок на свойства отсека см. в разделе Сводка свойств. Свойства определяют характеристики объекта. Используйте getset
| addcompartment (модель, отсек) | Создать объект-отсек |
Методы для объектов отсека
| addcompartment (модель, отсек) | Создать объект-отсек |
| addspecies (модель, отсек) | Создание видового объекта и добавление к объекту-отсеку в объекте-модели |
| copyobj | Копировать объект SimBiology и его нижестоящие элементы |
| удалить | Удалить объект SimBiology |
| показ | Отображение сводки объекта SimBiology |
| findUsages (вид, параметр, отсек) | Узнайте, как в модели используется вид, параметр или отсек |
| добраться | Получение свойств объекта SimBiology |
| двинуться | Переместить объект отсека SimBiology к новому владельцу |
| переименовать | Переименование объекта и обновление выражений |
| переупорядочение (модель, отсек, кинетический закон) | Переупорядочить списки компонентов |
| набор | Задать свойства объекта SimBiology |
Свойства объектов-отсеков
| Способность | Вместимость отсека |
| CapacityUnits | Блоки вместимости отсека |
| Отделения | Массив отсеков в модели или отсеке |
| Постоянный | Укажите переменное или постоянное количество видов, значение параметра или вместимость отсека |
| ConstantCapacity | Укажите переменную или постоянную вместимость отсека |
| Имя | Укажите имя объекта |
| Примечания | HTML-текст, описывающий объект SimBiology |
| Владелец | Отделение владения |
| Родитель | Указать родительский объект |
| Разновидности | Массив видов в отсеке объекта |
| Тэг | Укажите метку для объекта SimBiology |
| Напечатать | Отображение типа объекта SimBiology |
| Единицы | Единицы измерения количества видов, значение параметра, вместимость отсека, наблюдаемое выражение |
| UserData | Укажите данные для связывания с объектом |
| Стоимость | Значение вида, отсека или объекта параметра |
AbstractKineticLaw object, Configset object, KineticLaw object, Model object, Parameter object, Reaction object, Root object, Rule object