SimBiology предоставляет набор интегрированных приложений, которые предназначены для облегчения построения, моделирования и анализа моделей динамических систем, таких как количественная системная фармакология (QSP), фармакокинетическая/фармакодинамическая (PK/PD) и модели системной биологии.
Приложение SimBiology Model Builder позволяет создавать динамические модели в интерактивном режиме с использованием различных элементов моделирования. Например, вы можете моделировать различные биологические системы, такие как сигнальные пути, метаболические сети, модели PBPK, QSP и PK/PD. Он также позволяет моделировать биологическую изменчивость и различные схемы дозирования для изучения различных экспериментальных условий и стратегий дозирования.
Приложение SimBiology Model Analyzer позволяет выполнять анализ моделей динамических систем. Динамическое поведение модели можно моделировать с помощью различных решателей и параметров модели оценки. Чтобы исследовать динамику системы и проводить эксперименты, можно выполнить анализ чувствительности и протягивание параметров.
| Построитель моделей SimBiology | Создание моделей QSP, PK/PD и механистической системной биологии в интерактивном режиме |
| Анализатор модели SimBiology | Анализ моделей QSP, PK/PD и механистической системной биологии |
simbio.diagram.getBlock | Получение свойств блока диаграммы SimBiology |
simbio.diagram.setBlock | Задать свойства блока диаграммы SimBiology |
simbio.diagram.getLine | Получение свойств линии диаграммы SimBiology |
simbio.diagram.setLine | Задать свойства линии диаграммы SimBiology |
simbio.diagram.splitBlock | Split SimBiology видовой блок на диаграмме |
simbio.diagram.joinBlock | Объединить все копии видовых блоков SimBiology на диаграмме |
Создание модели кинетики рецептор-лиганд
В этом примере показано, как создать и смоделировать простую модель кинетики рецептор-лиганд с помощью приложений SimBiology Model Builder и SimBiology Model Analyzer.
Включение ингибирования рецептора 2 (SGLT2) со-переносчика натрия-глюкозы гипотетическим соединением в существующую модель глюкоза-инсулин.
Копирование и вставка блоков SimBiology при построении моделей в схеме.
Сочетания клавиш для построителя моделей SimBiology
Приложение SimBiology Model Builder предоставляет сочетания клавиш для различных действий моделирования.
Библиотеки компонентов модели SimBiology
Библиотеки SimBiology ® представляют собой коллекции встроенных компонентов, которые можно использовать для построения и анализа моделей.
Значки индикаторов сообщений в построителе моделей SimBiology
Приложение SimBiology Model Builder использует контекстные значки для предоставления дополнительной информации о компонентах модели в таблицах браузера и блоках на вкладке Схема.
Отмена и восстановление изменений модели в SimBiology
Можно отменить и повторить действия, связанные со строительством модели и настройкой свойств блока.
Выполните несоответствующий анализ и калибровку параметров модели путем подгонки к экспериментальным данным PKPD с использованием нелинейной регрессии.
Выполните анализ чувствительности для поиска важных параметров модели.
Создайте выборочные значения для параметров модели, чтобы представить виртуальных пациентов, и смоделируйте для изучения изменчивости модели.
Схемы дозирования сканирования с использованием приложения SimBiology Model Analyzer
Изучите несколько доз, которые соответствуют порогам эффективности и токсичности.