SimBiology ® поддерживает различные методы оптимизации для задач оценки наименьших квадратов и смешанных эффектов. В зависимости от метода оптимизации можно указать границы параметров для расчетных параметров, а также специфичные для отклика модели ошибок, то есть модель ошибок для каждой переменной ответа. В следующей таблице представлены методы оптимизации, поддерживаемые в SimBiology, опции подгонки и соответствующие панели инструментов, которые требуются в дополнение к MATLAB ® и SimBiology.
| Метод | Требуется дополнительная панель инструментов | Поддерживает границы параметров | Использует чувствительность параметров † | Специфичные для ответа модели ошибок | Фиксированные или смешанные эффекты | Поддержка алгоритма Stochastic EM | Функция SimBiology для использования |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
fminsearch | — | Да * | Нет | Да | Фиксированный | Нет | sbiofit
|
| scattersearch | — | Да | Зависит от выбранного локального решателя. | Зависит от выбранного локального решателя. | Фиксированный | Нет | |
nlinfit(Набор инструментов для статистики и машинного обучения) | Статистика и машинное обучение Toolbox™ | Да * | Нет | Нет | Фиксированный | Нет | |
fminunc(Панель инструментов оптимизации) | Оптимизация Toolbox™ | Да * | Да | Да | Фиксированный | Нет | |
fmincon(Панель инструментов оптимизации) | Панель инструментов оптимизации | Да | Да | Да | Фиксированный | Нет | |
lsqcurvefit(Панель инструментов оптимизации) | Панель инструментов оптимизации | Да | Да | Да | Фиксированный | Нет | |
lsqnonlin(Панель инструментов оптимизации) | Панель инструментов оптимизации | Да | Да | Да | Фиксированный | Нет | |
patternsearch(Панель инструментов глобальной оптимизации) | Инструментарий глобальной оптимизации | Да | Нет | Да | Фиксированный | Нет | |
ga(Панель инструментов глобальной оптимизации) | Инструментарий глобальной оптимизации | Да | Нет | Да | Фиксированный | Нет | |
particleswarm(Панель инструментов глобальной оптимизации) | Инструментарий глобальной оптимизации | Да | Нет | Да | Фиксированный | Нет | |
nlmefit(Набор инструментов для статистики и машинного обучения) | Инструментарий для статистики и машинного обучения | Нет | Нет | Нет | Смешанный | Нет | sbiofitmixed
|
(Набор nlmefitsa инструментов для статистики и машинного обучения) | Инструментарий для статистики и машинного обучения | Нет | Нет | Нет | Смешанный | Да |
† В этом столбце указывается, позволяет ли алгоритм использовать чувствительность параметров для определения градиентов целевой функции.
* При использовании fminsearch, nlinfit, или fminunc с границами целевая функция возвращает Inf если превышены границы. При включении таких параметров, как FunValCheck, оптимизация может быть ошибочной, если границы превышены во время оценки. При использовании nlinfit, он может сообщить о предупреждениях о том, что якобианец является плохо обусловленным или не может оценить, если окончательный результат слишком близко к границам.