Запуск с Bioinformatics Toolbox

Bioinformatics Toolbox™ предоставляет алгоритмы и приложения для секвенирования следующего поколения (NGS), анализа микромассивов, масс-спектрометрии и генной онтологии. Используя функции тулбокса, можно считать геномные и протеомные данные из стандартных форматов файлов, таких как SAM, FASTA, CEL и CDF, а также из онлайновых баз данных, таких как NCBI Gene Expression Omnibus и GenBank^®. Можно исследовать и визуализировать эти данные с помощью браузеров последовательностей, пространственных тепловых карт и кластерграмм. Тулбокс также предоставляет статистические методы для обнаружения peaks, ввода значений для недостающих данных и выбора функций.

Можно объединить функции тулбокса для поддержки распространенных рабочих процессов биоинформатики. Можно использовать данные ChIP-Seq для идентификации факторов транскрипции; анализ данных RNA-Seq для идентификации дифференциально экспрессируемых генов; идентифицируют варианты номера копирования и SNP в данных микромассивов; и классифицируют профили белков, используя данные масс-спектрометрии.

Руководства

• Исследование нуклеотидной последовательности с помощью приложения Sequence Viewer
  

  Используйте графический интерфейс для функций последовательности.

• Исследуйте последовательность белка с помощью приложения Sequence Viewer
  

  Используйте Biological Sequence Viewer, чтобы исследовать белковые последовательности

• Сравнение последовательностей с использованием алгоритмов Sequence Alignment
  

  Определение подобия между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.

• Просмотр и выравнивание нескольких последовательностей
  

  Используйте приложение Sequence Alignment, чтобы визуально просмотреть несколько выравнивания и внести корректировки вручную.

• Получение информации из веб-базы данных
  

  Пример создания функции get

• Обмен данными биоинформатики между Excel и MATLAB
  

  Пример использования Spreadsheet Link™ с программным обеспечением для просмотра биоинформатических данных

Рекомендуемые примеры

Сравнение целых геномов

Сравните целые геномы для организмов, что позволяет сравнивать организмы с очень разным разрешением относительно сравнений отдельных генов. Вместо того, чтобы просто фокусироваться на различиях между гомологичными генами, вы можете получить представление о крупномасштабных функциях геномной эволюции.

Открыть скрипт

Работа с данными обо всем геноме

Создайте отображаемый файл памяти для данных последовательности и работайте с ним, не загружая в память всю геномную последовательность. Целые геномы доступны для человека, мыши, крыс, фугу и нескольких других модельных организмов. Для многих из этих организмов одна хромосома может быть длиной в несколько сотен миллионов пар оснований. Работа с такими большими наборами данных может оказаться сложной задачей, поскольку вы можете столкнуться с ограничениями оборудования и программного обеспечения, которые вы используете. Этот пример показывает один из способов преодоления этих ограничений в MATLAB ®.

Открыть скрипт

Идентификация дифференциально экспрессированных генов по данным RNA-Seq

Данные теста RNA-Seq для дифференциально экспрессированных генов с использованием отрицательной биномиальной модели.

Открыть скрипт