Просмотр и выравнивание нескольких последовательностей
Обзор приложения Sequence Alignment
Приложение Sequence Alignment интегрирует много функций последовательности и нескольких функций выравнивания в тулбоксе. Вместо ввода команд в MATLAB® Командное окно, вы можете использовать это приложение, чтобы визуально просмотреть несколько выравнивания и внести ручные корректировки.
Визуализация несколького Sequence Alignment
Считайте файл выравнивания нескольких последовательностей gag полипротеина для нескольких штаммов ВИЧ.
gagaa = multialignread('aagag.aln')Просмотрите выровненные последовательности в приложении Sequence Alignment.
seqalignviewer(gagaa);
Корректировка выравниваний последовательности вручную
Алгоритмы для выравнивания нескольких последовательностей не всегда дают оптимальный результат. Путем визуального осмотра трассы можно определить области, выравнивание которых может быть улучшено ручной регулировкой.
Чтобы лучше визуализировать выравнивания последовательности, можно увеличить масштаб, выбрав Display > Zoom in. Выберите эту опцию несколько раз, пока вы не достигнете требуемого уровня масштаба.
Определите область, в которой можно улучшить выравнивание.
Щелкните букву или область. Выбранная область является центральным блоком. Затем можно перетащить последовательности влево или вправо от центрального блока.
Чтобы переместить одну букву (T в этом примере), щелкните и перетащите букву T (центральный блок) вправо, чтобы вставить зазор.
Закройте зазор, перетащив букву назад налево.
Можно также переместить несколько остатков (подпоследовательность). Предположим, вы хотите переместить подпоследовательность в доступные погрешности. Сначала выберите область зазора, которую вы хотите заполнить.
Перетащите подпоследовательность (подпоследовательности) справа или слева от области зазора в область зазора.
Предположим, вы хотите удалить одну или несколько выровненных последовательностей. Сначала выберите последовательность (последовательности), которая будет удалена. Затем выберите Edit > Delete Sequences .
Удалите пустые столбцы, выбрав Edit > Remove Empty Columns.
После редактирования можно экспортировать выровненные последовательности или консенсусную последовательность в файл FASTA или Рабочее пространство MATLAB из меню File.
Переставить строки
Можно переместить строки (последовательности) вверх или вниз на одну строку. Можно также переместить выбранные строки в верхнюю или нижнюю часть списка.
Выбранная последовательность перемещается в нижнюю часть списка.
Сгенерируйте Phylogenetic Tree из выровненных последовательностей
Можно сгенерировать филогенетическое дерево, используя выровненные последовательности из приложения. Можно выбрать подмножество последовательностей или использовать все последовательности, чтобы сгенерировать дерево.
Выберите Display > View Tree > Selected..., чтобы сгенерировать дерево из выбранных последовательностей.
Филогенетическое дерево для последовательностей отображается в Phylogenetic Tree приложении. Для получения дополнительной информации о приложении, смотрите Использование приложения Phylogenetic Tree.
См. также
NGS Browser | seqalignviewer | Sequence Alignment | Sequence Viewer