align2cigar

Преобразуйте выровненные последовательности в соответствующие сигнатуры в формате CIGAR

Синтаксис

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref)

Описание

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref) преобразует выровненные последовательности, представленные в Alignment, массив ячеек из выровненных векторов символов, вектора строк или символьного массива в Cigars, массив ячеек из соответствующих CIGAR-форматированных векторов символов или строкового вектора, с использованием ссылочной последовательности, заданной Ref, вектор символов или строка. Также возвращается Startsвектор из целых чисел, указывающий начальное положение каждой выровненной последовательности относительно неотключенной опорной последовательности.

Входные параметры

Alignment

Массив ячеек из вектора символов, вектора строк или символьного массива, представляющего выровненные последовательности. Мягкие усечения приняты в виде строчных букв в выровненных последовательностях. Пропущенные позиции приняты представленными. в выровненных последовательностях.

Ref

Вектор символов или строка, задающая выровненную ссылочную последовательность. Длина Ref должно равняться количеству столбцов в Alignment.

Выходные аргументы

`Cigars`	Массив ячеек из CIGAR-форматированных ячеек из символьных векторов или строкового вектора, соответствующего каждой выровненной последовательности в `Alignment`.
`Starts`	Вектор целых чисел, указывающий начальное положение каждой выровненной последовательности относительно неотключенной опорной последовательности.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте выровненные последовательности в строки CIGAR

Открыть Live Script

В этом примере показано, как преобразовать выровненные строки в строки CIGAR

Создайте массив ячеек из выровненных строк, создайте строку, задающую ссылочную последовательность, а затем преобразуйте выравнивание в строки CIGAR:

aln = ['ACG-ATGC'; 'ACGT-TGC'; '  GTAT-C']

aln = 3x8 char array
    'ACG-ATGC'
    'ACGT-TGC'
    '  GTAT-C'

ref =  'ACGTATGC';
[cigar, start] = align2cigar(aln, ref)

cigar = 1x3 cell
    {'3=1D4='}    {'4=1D3='}    {'4=1D1='}

start = 1×3

     1     1     3

См. также

Темы

Управление данными чтения последовательности в объектах

Внешние веб-сайты

Введенный в R2010b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.