getCompactAlignment

Класс: BioMap

Создайте компактное выравнивание, представленную в BioMap объект

Синтаксис

CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos) CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R) CompAlignment = getCompactAlignment(..., 'ParameterName', ParameterValue) [CompAlignment, Indices] = getCompactAlignment(...) [CompAlignment, Indices, Rows] = getCompactAlignment(...)

Описание

CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos) возвращает CompAlignment, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения из BioObj, а BioMap объект, в компактном формате. Последовательности чтения должны выровняться внутри определенной области ссылочной последовательности, которая определяется StartPos и EndPos, два положительных целого числа, таких что StartPos меньше EndPos, и оба меньше, чем длина ссылки последовательности.

CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R) выбирает ссылку где getCompactAlignment восстанавливает выравнивание.

CompAlignment = getCompactAlignment(..., 'ParameterName', ParameterValue) принимает одну или несколько пар имя/значение параметра, разделенных запятыми. Задайте ParameterName внутри одинарные кавычки.

[CompAlignment, Indices] = getCompactAlignment(...) возвращает Indicesвектор индексов, задающих считанные последовательности, которые выравниваются внутри определенной области ссылки последовательности.

[CompAlignment, Indices, Rows] = getCompactAlignment(...) возвращает Rowsвектор положительных чисел, задающий строку в CompAlignment где лучше всего отображать каждую последовательность чтения.

Входные параметры

`BioObj`	Объект `BioMap` класс.
`StartPos`	Положительное целое число, которое задает начало области ссылки последовательности. `StartPos` должно быть меньше `EndPos`и меньше, чем общая длина последовательности ссылки.
`EndPos`	Положительное целое число, которое задает конец области ссылки последовательности. `EndPos` должно быть больше `StartPos`и меньше, чем общая длина последовательности ссылки.
`R`	Положительное целое число, индексирующее `SequenceDictionary` свойство `BioObj`, или вектор символов или строка, задающая фактическое имя ссылки.

Аргументы в виде пар имя-значение

'Full'

Указывает, включать ли только считанные последовательности, которые полностью выравниваются с заданной областью ссылочной последовательности, то есть они полностью содержатся в области и не выходят за пределы области. Варианты true или false (по умолчанию).

По умолчанию: false

'TrimAlignment'

Определяет, следует ли отсекать пустые начальные и конечные столбцы от выравнивания. Варианты true или false. По умолчанию это false, который не обрезает выравнивание, но включает любые пустые ведущие или конечные столбцы и возвращает выравнивание всегда длиной EndPos – StartPos + 1.

По умолчанию: false

Выходные аргументы

`CompAlignment`	Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения из `BioObj` которые выравниваются в пределах запрашиваемой области. Символьный массив представляет компактное выравнивание, то есть каждая строка символьного массива содержит одну или несколько выровненных последовательностей, так что количество строк в символьный массив минимизируется. Каждая выровненная последовательность включает в себя только положения последовательности, которые попадают в запрашиваемую область, и каждая выровненная последовательность может включать в себя погрешности.
`Indices`	Вектор индексов, задающих последовательности чтения из `BioObj` которые выравниваются в пределах запрашиваемой области.
`Rows`	Вектор положительных чисел, задающий строку в `CompAlignment` где лучше всего отображать каждую последовательность чтения.

Примеры

Создайте a BioMap объект, а затем создайте компактное совмещение между положениями 30 и 59 последовательности ссылки:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Construct the compact alignment between positions 30 and 59 of
% the reference sequence, and return the indices of the reads in the
% compact alignment, as well as the row each read is in. 
[CompAlignment, Ind, Row] = getCompactAlignment(BMObj1, 30, 59)

CompAlignment =

TAACTCG      GCCCAGCATTAGGGAGC
TAACTCGT           CATTAGGGAGC
TAACTCGTCC          ATTAGGGAGC
TAACTCTTCTCT         TTAGGGAGC
TAACTCGTCCATGG        TAGGGAGC
TAACTCGTCCCTGGCCCA           C
TAACTCGTCCATGGCCCAG           
TAACTCGTCCATTGCCCAGC          
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATT       
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTTGGG   
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGG   
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGATC
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
 AACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
      GTACATGGCCCAGCATTAGGGAGC
       TCCATGGCCCAGCATTAGGGCGC


Ind =

     1
     2
     3
     4
     5
     6
     7
     8
     9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    16
    17
    18
    19
    20
    21
    22
    23


Row =

     1
     2
     3
     4
     5
     6
     7
     8
     9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    16
    17
     1
     2
     3
     4
     5
     6

Алгоритмы

getCompactAlignment предполагает, что опорная последовательность не имеет погрешностей. Поэтому положения в показаниях, соответствующих вставкам (I) и заполнению (P), не появляются в выравнивании.

Поскольку мягкие обрезанные положения (S) не связаны с положениями, которые выравниваются по ссылочной последовательности, они не появляются в выравнивании.

Пропущенное положение (N) появляется как - (дефис) в выравнивании.

Жесткие отсеченные положения (H) не появляются в последовательностях или выравнивании.

См. также

align2cigar | BioMap | cigar2align | getAlignment | getBaseCoverage

Темы

Управление данными чтения последовательности в объектах

Документация