Преобразуйте выровненные последовательности в выровненные с помощью сигнатур в формате CIGAR
Alignment = cigar2align(Seqs,Cigars)
[GapSeq, Indices]
= cigar2align(Seqs,Cigars)
... = cigar2align(Seqs,Cigars,Name,Value)
Alignment = cigar2align(Seqs,Cigars)Seqs, массив ячеек из векторов символов или строкового вектора, в Alignment, матрица выровненных последовательностей, с использованием информации, хранящейся в Cigars, массив ячеек из CIGAR-форматированных векторов символов или строкового вектора.
[ преобразует выровненные последовательности в GapSeq, Indices]
= cigar2align(Seqs,Cigars)Seqs, массив ячеек из векторов символов или строкового вектора, в GapSeq, массив ячеек из векторов символов выровненных последовательностей, а также возвращает Indicesвектор числовых индексов, используя информацию, хранящуюся в Cigars, массив ячеек из CIGAR-форматированных векторов символов или строкового вектора. Когда выравнивание имеет много столбцов, этот синтаксис использует меньше памяти и быстрее.
... = cigar2align( преобразует выровненные последовательности в Seqs,Cigars,Name,Value)Seqs, массив ячеек из векторов символов или строкового вектора, в Alignment, матрица выровненных последовательностей, с использованием информации, хранящейся в Cigarsмассив ячеек из CIGAR-форматированных векторов символов или строкового вектора с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.
|
Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора, содержащий выровненные последовательности. |
|
Массив ячеек из допустимых CIGAR-форматированных ячеек из символьных векторов или строкового вектора. |
Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.
|
Вектор положительных целых чисел, задающий положение опорной последовательности, с которого начинается каждая выровненная последовательность. По умолчанию каждая выровненная последовательность начинается с положения 1 ссылки последовательности. |
|
Логическое определение, отображать ли положения в выровненных последовательностях, которые соответствуют погрешностям в ссылочной последовательности. Варианты По умолчанию: |
|
Логическое определение, включать ли символы в выровненные последовательности чтения, соответствующие концам мягких усечений. Варианты По умолчанию: |
|
Логическое определение, добавлять ли заготовки заполнения слева от каждой выровненной последовательности чтения, чтобы представлять смещение начального положения от первого положения ссылки последовательности. Варианты По умолчанию: |
|
Матрица выровненных последовательностей, в которой количество строк равняется количеству векторов символов в |
|
Массив ячеек из символьных векторов выровненных последовательностей, в которых векторы числа символов равны количеству векторов символов в |
|
Вектор числовых индексов, указывающий начальный столбец для каждой выровненной последовательности в
|
Создайте массив ячеек из векторов символов, содержащих несовпадающие последовательности, создайте массив ячеек из соответствующих CIGAR-форматированных векторов символов, сопоставленных с ссылочной последовательностью ACGTATGC, а затем восстановите выравнивание:
r = {'ACGACTGC', 'ACGTTGC', 'AGGTATC'}; % unaligned sequences
c = {'3M1D1M1I3M', '4M1D1P3M', '5M1P1M1D1M'}; % cigar-formatted
aln1 = cigar2align(r, c)aln1 = ACG-ATGC ACGT-TGC AGGTAT-C
Восстановите то же выравнивание, чтобы отобразить положения в выровненных последовательностях, которые соответствуют погрешностям в ссылочной последовательности:
aln2 = cigar2align(r, c,'GapsInRef',true)
aln2 = ACG-ACTGC ACGT--TGC AGGTA-T-C
Восстановите выравнивание, добавив смещение 5:
aln3 = cigar2align(r, c, 'start', [5 5 5], 'OffsetPad', true)
aln3 =
ACG-ATGC
ACGT-TGC
AGGTAT-CКогда cigar2align восстанавливает выравнивание, оно не отображает жесткие обрезанные положения (H) или мягкие обрезанные положения (S). Кроме того, он не рассматривает мягкие обрезанные положения как начальные положения для выровненных последовательностей.
Если ваша информация CIGAR получена в Signature свойство BioMap объект, можно использовать getAlignment метод для построения выравнивания.
align2cigar | BioMap | getAlignment | getBaseCoverage | getCompactAlignment | seqalignviewer