Класс: BioMap
Создайте выравнивание, представленную в BioMap объект
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)
Alignment = getAlignment(...,
'ParameterName', ParameterValue)
[Alignment, Indices]
= getAlignment(...)
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)Alignment, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения из BioObj, а BioMap объект. Последовательности чтения должны выровняться внутри определенной области ссылочной последовательности, которая определяется StartPos и EndPos, два положительных целого числа, таких что StartPos меньше EndPos, и оба меньше, чем длина ссылки последовательности.
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)getAlignment восстанавливает выравнивание.
Alignment = getAlignment(...,
'ParameterName', ParameterValue)ParameterName внутри одинарные кавычки.
[ возвращает Alignment, Indices]
= getAlignment(...)Indicesвектор индексов, задающих считанные последовательности, которые выравниваются внутри определенной области ссылки последовательности.
|
Объект |
|
Положительное целое число, которое задает начало области ссылки последовательности. |
|
Положительное целое число, которое задает конец области ссылки последовательности. |
|
Положительное целое число, индексирующее |
|
Определяет, добавляются ли заполняющие заготовки в начале каждой выровненной последовательности, чтобы представлять смещение начального положения каждой выровненной последовательности относительно ссылки. Варианты |
|
Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения из |
|
Вектор индексов, задающих последовательности чтения из |
Создайте a BioMap объект, а затем восстановите выравнивание между положениями 10 и 25 последовательности ссылки:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Construct the alignment between positions 10 and 25 of the
% reference sequence.
Alignment = getAlignment(BMObj1, 10, 25)Alignment =
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAATTTTTT
CTCATTGTAAATGTGT
ATTGTAAATGTGT
ATTGTAAATGTGT
TGTAAATGTGT
AAATGTGT
GTGT
GTGT
GTgetAlignment предполагает, что опорная последовательность не имеет погрешностей. Поэтому положения в показаниях, соответствующих вставкам (I) и заполнению (P), не появляются в выравнивании.
Поскольку мягкие обрезанные положения (S) не связаны с положениями, которые выравниваются по ссылочной последовательности, они не появляются в выравнивании.
Пропущенное положение (N) появляется как . (период) в выравнивании.
Жесткие отсеченные положения (H) не появляются в последовательностях или выравнивании.