bamsort

Сортировка файлов BAM

Свернуть все на странице

Синтаксис

sortedFile = bamsort(inFile)
bamsort(inFile,outFile)

Описание

пример

sortedFile = bamsort(inFile) сортировка файла BAM inFile и возвращает имя отсортированного файла BAM sortedFile. Функция сортирует записи выравнивания сначала по наименованию ссылочной последовательности, а затем по положению в ссылке.

пример

bamsort(inFile,outFile) сортировки inFile и создает отсортированный файл BAM с именем outFile.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Отсортируйте пример файла BAM. Отсортированный файл имеет то же базовое имя что и вход файл, но с расширением ".sorted.bam". По умолчанию отсортированный файл сохраняется в текущей директории.

sortedFile = bamsort("ex1.bam")
sortedFile = 
"ex1.sorted.bam"

Вы можете изменить имя файла выхода указав его как второй вход.

bamsort("ex1.bam","sortedEx1.bam")
ans = 
"sortedEx1.bam"

Можно также сохранить выходной файл в существующей директории, предоставив информацию о пути к файлу. 

mkdir("./OutputEx1BAM");
bamsort("ex1.bam","./OutputEx1BAM/sortedEx1.bam")
ans = 
"./OutputEx1BAM/sortedEx1.bam"

Входные параметры

свернуть все

Имя входного файла BAM для сортировки, заданное как строковый или символьный вектор. Можно задать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь расширение .bam.

Пример: "./InputData/ex1.bam"

Типы данных: char | string

Имя выходного файла BAM, заданное как строковый или символьный вектор. Можно задать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь расширение .bam. Файл сохраняется в текущей директории по умолчанию, если вы не задаете путь. Если вы задаете путь к файлу, перечисленные директории должны существовать до запуска функции.

Пример: "./OutputData/ex1Sorted.bam"

Типы данных: char | string

Выходные аргументы

свернуть все

Имя выходного файла BAM, возвращаемое как строка. sortedFile имеет то же базовое имя что и inFile но с расширением .sorted.bam. Файл по умолчанию сохранен в текущей директории.

См. также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте