Импорт данных
Импорт данных NGS, хранящихся в различных форматах файлов, таких как файлы FASTA, FASTQ, SAM и BAM. Считывайте аннотации функций из файлов GTF и GFF. Используйте различные объекты для доступа к данным NGS и управления ими. Для образца, BioIndexedFile Объект позволяет эффективно обращаться к текстовым файлам с элементами неоднородного размера, такими как последовательности и аннотации. Используйте объект для доступа к отдельным записям или подмножеству записей, когда исходный файл слишком велик, чтобы помещаться в памяти. Используйте BioMap и BioRead объекты для хранения и управления данными чтения последовательности, содержащими информацию о заголовках, качествах и выравниваниях.
Функции
Классы
Темы
Работа с данными секвенирования следующего поколения
Использование BioIndexedFile объекты для извлечения записей из больших файлов с помощью индексов или ключей и анализа данных с помощью пользовательских функций.
Управление данными чтения последовательности в объектах
Использование BioMap и BioRead объекты для доступа к данным секвенирования следующего поколения (NGS) и управления ими из различных форматов файлов, таких как файлы FASTQ, SAM и BAM.
Хранение и управление аннотациями функций
Используйте объекты аннотации функций GTF и GFF для извлечения информации об функциях из одной или нескольких ссылочных последовательностей.
Доступ к онлайновым базам данных и репозиториям с помощью различных MATLAB® функций и импорта данных в рабочую область для последующих анализов.
Визуализация данных NGS с помощью приложения Genomics Viewer
Используйте приложение Genomics Viewer, чтобы просмотреть данные выравнивания NGS для одиночных нуклеотидных изменений в гене цитохрома p450.
