samsort

Сортировка файлов SAM

Свернуть все на странице

Синтаксис

sortedFile = samsort(inFile)
samsort(inFile,outFile)

Описание

пример

sortedFile = samsort(inFile) сортирует файл SAM inFile и возвращает имя отсортированного файла SAM sortedFile. Функция сортирует записи выравнивания сначала по наименованию ссылочной последовательности, а затем по положению в ссылке.

пример

samsort(inFile,outFile) сортировки inFile и создает отсортированный файл SAM с именем outFile.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Отсортируйте выборку файла SAM. Отсортированный файл имеет то же базовое имя что и вход файл, но с расширением ".sorted.sam". По умолчанию отсортированный файл сохраняется в текущей директории.

sortedFile = samsort("ex1.sam")
sortedFile = 
"ex1.sorted.sam"

Вы можете изменить имя файла выхода указав его как второй вход.

samsort("ex1.sam","sortedEx1.sam")
ans = 
"sortedEx1.sam"

Можно также сохранить выходной файл в существующей директории, предоставив информацию о пути к файлу. 

mkdir("./OutputEx1SAM");
samsort("ex1.sam","./OutputEx1SAM/sortedEx1.sam")
ans = 
"./OutputEx1SAM/sortedEx1.sam"

Входные параметры

свернуть все

Имя входного файла SAM для сортировки, заданное как строковый или символьный вектор. Можно задать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь расширение .sam.

Пример: "./InputData/ex1.sam"

Типы данных: char | string

Имя выходного файла SAM, заданное как строковый или символьный вектор. Можно задать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь расширение .sam. Файл сохраняется в текущей директории по умолчанию, если вы не задаете путь. Если вы задаете путь к файлу, перечисленные директории должны существовать до запуска функции.

Пример: "./OutputData/ex1Sorted.sam"

Типы данных: char | string

Выходные аргументы

свернуть все

Имя выходного файла SAM, возвращаемое как строка. sortedFile имеет то же базовое имя что и inFile но с расширением .sorted.sam. Файл по умолчанию сохранен в текущей директории.

См. также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте