Класс: BioMap
Установите начальные положения выровненных последовательностей чтения в BioMap объект
NewObj = setStart(BioObj, Start)
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)
NewObj = setStart(BioObj, Start)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с Start значение свойства установлено в Startвектор положительных целых чисел, задающий начальные положения выровненных последовательностей считывания относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. Изменение Start свойство смещает выровненные последовательности.
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с Start свойство подмножества элементов, установленное в Startвектор положительных целых чисел, задающий начальные положения выровненных последовательностей считывания относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. Он устанавливает начальные положения только для элементов объекта, заданных Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Вектор положительных целых чисел, задающий начальные положения выровненных последовательностей чтения относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих для задания подмножества элементов в
Примечание Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте a BioMap объект, а затем установите подмножество начальных значений последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Start property of the second element to a new value
BMObj1 = setStart(BMObj1, 5, 2);Как обновить начальные позиции в существующем BioMap объект, используйте тот же объект, что и вход BioObj и выходные NewObj.
Если вы изменяете последовательности или сигнатуры в объекте, вам, возможно, потребуется использовать setStart метод для изменения Start свойство для соответствующего смещения выравнивания измененных последовательностей.
Альтернатива использованию setStart метод для обновления существующего объекта - использовать индексацию точек с Start свойство:
BioObj.Start(Indices) = NewStart
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек из векторов символов, содержащих заголовки последовательностей. NewStart является вектором целых чисел, задающих начальные положения выровненных последовательностей считывания относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. Indices и NewStart должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.