Класс: BioMap
Установите сигнатуру (информацию о выравнивании) для BioMap объект
NewObj = setSignature(BioObj, Signature)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с Signature значение свойства установлено в Signatureмассив ячеек из CIGAR-форматированных векторов символов, каждый из которых представляет, как последовательность считывания выравнивается по отношению к ссылочной последовательности.
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с Signature свойство подмножества элементов, установленное в Signature, массив ячеек из CIGAR-форматированных векторов символов, каждый из которых представляет, как считываются последовательности, заданные Subset, выровнять по ссылочной последовательности. Он устанавливает подпись только для элементов объекта, заданных Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Массив ячеек из CIGAR-форматированных ячеек из символьных векторов, каждый из которых представляет, как последовательность считывания выравнивается по отношению к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. |
|
Одно из следующих для задания подмножества элементов в
Примечание Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте a BioMap Объект, а затем установите подмножество сигнатур:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Signature property of the second element to a new value
BMObj1 = setSignature(BMObj1, {'36M'}, 2);Как обновить сигнатуры в существующем BioMap объект, используйте тот же объект, что и вход BioObj и выходные NewObj.
Если вы изменяете последовательности или стартовые положения в объекте, вам, возможно, потребуется использовать setSignature метод для изменения Signature свойство модифицированных последовательностей соответственно.
Альтернатива использованию setSignature метод для обновления существующего объекта - использовать индексацию точек с Signature свойство:
BioObj.Signature(Indices) = NewSignature
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек из векторов символов, содержащих заголовки последовательностей. NewSignature является вектором символов или массивом ячеек CIGAR-форматированных векторов символов, каждый из которых представляет, как последовательность считывания выравнивается с ссылкой последовательностью. Подпись может быть пустой. Indices и NewSignature должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.