Exponenta Banner

bowtiebuild

Сгенерируйте индекс с помощью преобразования Burrows-Wheeler

Свернуть все на странице

Синтаксис

bowtiebuild(input,indexBaseName)
bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options)

Описание

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName) создает индекс с использованием ссылочной последовательности (последовательностей) в input, и сохраняет его в файле индекса indexBaseName.

Примечание

bowtiebuild работает на Mac и UNIX® только платформы.

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options) задает дополнительные опции.

Примеры

свернуть все

Загрузите геном E. coli из NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Построил индекс Боути с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Входные параметры

свернуть все

Форматированные FASTA файлы с индексируемыми ссылочными последовательностями, заданные как вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов. Используйте массив ячеек из векторов символов или строкового вектора, чтобы задать несколько файлов.

Имя для индексированного файла ссылки, заданное как вектор символов или строка, содержащая путь и основу имя для полученного файла индекса Bowtie.

Дополнительные bowtiebuild опции, заданные как вектор символов или строка для любого допустимого bowtiebuild опции. Тип bowtiebuild('--help') для доступных опций.

Пример: '-t 5 -C'

Совет

  • Больше информации об алгоритме Боути (Версия 0.12.7) можно найти в http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.

  • Некоторые предварительно построенные файлы индекса для организмов модели могут быть загружены непосредственно из репозитория Bowtie.

См. также

| | | | | |

Введенный в R2012b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка