bowtiebuild

Сгенерируйте индекс с помощью преобразования Burrows-Wheeler

Синтаксис

bowtiebuild(input,indexBaseName)

bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options)

Описание

bowtiebuild(input,indexBaseName) создает индекс с использованием ссылочной последовательности (последовательностей) в input, и сохраняет его в файле индекса indexBaseName.

Примечание

bowtiebuild работает на Mac и UNIX^® только платформы.

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options) задает дополнительные опции.

Примеры

свернуть все

Создайте индекс Боути

Загрузите геном E. coli из NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Построил индекс Боути с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Входные параметры

свернуть все

`input` - FASTA-форматированные файлы
вектор символов | строка | строковый вектор | массив ячеек из векторов символов

Форматированные FASTA файлы с индексируемыми ссылочными последовательностями, заданные как вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов. Используйте массив ячеек из векторов символов или строкового вектора, чтобы задать несколько файлов.

`indexBaseName` - Имя индексированного файла
вектор символов | строка

Имя для индексированного файла ссылки, заданное как вектор символов или строка, содержащая путь и основу имя для полученного файла индекса Bowtie.

`options` - Дополнительные `bowtiebuild` опции
вектор символов | строка

Дополнительные bowtiebuild опции, заданные как вектор символов или строка для любого допустимого bowtiebuild опции. Тип bowtiebuild('--help') для доступных опций.

Пример: '-t 5 -C'

Совет

Больше информации об алгоритме Боути (Версия 0.12.7) можно найти в http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.
Некоторые предварительно построенные файлы индекса для организмов модели могут быть загружены непосредственно из репозитория Bowtie.

См. также

Введенный в R2012b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.

Документация