fastainfo

Возврат информации о файле FASTA

Свернуть все на странице

Синтаксис

info = fastainfo(file)
info = fastainfo(file,'TimeOut',TO)

Описание

пример

info = fastainfo(file) возвращает структуру info содержащая сводную информацию о file FASTA.

пример

info = fastainfo(file,'TimeOut',TO) устанавливает тайм-аут подключения (в секундах), чтобы считать данные из удаленного файла или URL-адреса.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script
info = fastainfo('ex1ref.fasta')
info = struct with fields:
           Filename: 'ex1ref.fasta'
           FilePath: '/mathworks/devel/bat/BR2021ad/build/matlab/toolbox/bioinfo/bioinfodata'
        FileModDate: '07-May-2010 16:12:06'
           FileSize: 1612
    NumberOfEntries: 1
             Header: 'Reference for ex1'
             Length: 1569

Входные параметры

свернуть все

Файл FASTA, заданный как один из следующих:

  • Вектор символов или строка, указывающая имя файла FASTA, путь и имя файла FASTA или URL-адрес, указывающий на файл FASTA. Если вы задаете только имя файла, файл должен быть на MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке.

  • Символьный массив, содержащий текст файла FASTA.

Типы данных: char | string

Тайм-аут подключения для чтения данных из удаленного файла, заданный как положительная скалярная величина. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Типы данных: double
Поддержка комплексного числа: Да

Выходные аргументы

свернуть все

Сводная информация о файле FASTA, возвращенная как структура. Структура содержит следующие поля.

ОбластьОписание

Filename

Имя файла.

FilePath

Путь к файлу.

FileModDate

Дата изменения файла.

FileSize

Размер файла в байтах.

NumberOfEntries

Количество последовательных записей в файле.

Header

Если file содержит только одну последовательность, тогда это вектор символов, содержащий информацию о заголовке из файла FASTA. В противном случае это поле пустое.

Length

Если file содержит только одну последовательность, тогда это скаляр, задающий длину последовательности. В противном случае это поле пустое.

См. также

| | | |

Темы

Введенный в R2009b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте