bowtie

Отобразите короткие чтения в ссылочную последовательность с помощью преобразования Burrows-Wheeler

Свернуть все на странице

Синтаксис

bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName)
bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName,Name,Value)

Описание

пример

bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName) выравнивает показания, указанные в reads к индексированной ссылке, заданной indexBaseName, и записывает результаты в файл в формате BAM outputFileName.

Примечание

bowtie работает на Mac и UNIX® только платформы.

bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName,Name,Value) aligns reads с помощью дополнительных опций, заданных одним или несколькими аргументами пары "имя-значение".

Примеры

свернуть все

Загрузите геном E. coli из NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Построил индекс Боути с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Найдите путь к примеру файла FASTQ ecoli100.fq, который имеет E. Coli кратко читается.

fastqfile = which('ecoli100.fq')

Выравнивание кратких показаний в ecoli100.fq к построенному индексу с базовым именем ECOLI.

bowtie('ECOLI',fastqfile,'ecoli100.bam')

Доступ к сопоставленным чтениям с помощью BioMap.

bm = BioMap('ecoli100.bam')

bm = 

BioMap with properties:

    SequenceDictionary: {'gi|110640213|ref|NC_008253.1|'}
             Reference: [73x1 File indexed property]
             Signature: [73x1 File indexed property]
                 Start: [73x1 File indexed property]
        MappingQuality: [73x1 File indexed property]
                  Flag: [73x1 File indexed property]
          MatePosition: [73x1 File indexed property]
               Quality: [73x1 File indexed property]
              Sequence: [73x1 File indexed property]
                Header: [73x1 File indexed property]
                 NSeqs: 73
                  Name: ''

Входные параметры

свернуть все

Имя индексированного файла ссылки для краткого выравнивания чтения, заданное как вектор символов или строка, содержащая путь и базовое имя файла индекса Боути.

Короткие чтения для выравнивания по индексированной ссылке, заданные как вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов, указывающих один или несколько форматированных файлов FASTQ с входом чтениями.

Имя файла выхода содержащего результаты выравнивания при коротком чтении, заданное как вектор символов или строка. По умолчанию файл выхода имеет формат BAM и bowtie автоматически добавляет .bam расширение, если оно отсутствует в имени файла.

Чтобы задать выходной файл в формате SAM, используйте аргумент пары "имя-значение" BamFileOutput,false. В этом случае bowtie автоматически добавляет .sam расширение, если оно отсутствует в имени файла.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'BamFileOutput',false,'Paired',true задает выходной файл в формате SAM и bowtie выполняет выравнивание считывания пар.

Индикатор формата выходного файла, заданный как разделенная разделенными запятой парами, состоящая из 'BamFileOutput' и любой из них true или false.

  • Если true (по умолчанию), затем выходной файл имеет формат BAM с .bam расширение.

  • Если false, затем выходной файл форматируется SAM с .sam расширение.

bowtie автоматически добавляет соответствующее расширение файла, если оно отсутствует в входной параметр outputFileName.

Пример: 'BamFileOutput',false

Типы данных: logical

Индикатор для эффективности выравнивания с парным чтением, заданный как разделенная запятой пара, состоящий из 'Paired' и любой из них true или false (значение по умолчанию). Если false, затем bowtie выполняет выравнивание с парным чтением, используя нечетные элементы в reads как восходящие сопрягаются и четные элементы в reads как нисходящий сопряжен.

Пример: 'Paired',true

Типы данных: logical

Дополнительные bowtie опции, заданные как вектор символов или строка для любого допустимого bowtie опции. Тип bowtie('--help') для доступных опций.

Пример: 'BowtieOptions','-k 5 -m 4'

Совет

  • Больше информации об алгоритме Боути (Версия 0.12.7) можно найти в http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.

  • Некоторые предварительно построенные файлы индекса для организмов модели могут быть загружены непосредственно из репозитория Bowtie.

См. также

| | | | | | |

Введенный в R2012b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте