BWAIndexOptions

Набор опций для bwaindex

развернуть все на странице

Описание

A BWAIndexOptions объект содержит опции для bwaindex функция, которая создает индексы из [1][2] ссылочной последовательности.

Создание

Синтаксис

bwaindexOpt = BWAIndexOptions
bwaindexOpt = BWAIndexOptions(Name,Value)
bwaindexOpt = BWAIndexOptions(S)

Описание

пример

bwaindexOpt = BWAIndexOptions создает BWAIndexOptions объект со значениями свойств по умолчанию.

BWAIndexOptions требуется пакет поддержки BWA для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

BWAIndexOptions поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.

пример

bwaindexOpt = BWAIndexOptions(Name,Value) устанавливает свойства объекта с помощью одного или нескольких аргументов пары "имя-значение". Заключайте каждое имя свойства в кавычки. Для примера, bwaindexOpt = BWAIndexOptions('Prefix','dmel_chr4') задает префикс для файлов индекса.

bwaindexOpt = BWAIndexOptions(S) задает необязательные параметры с помощью строкового или символьного вектора S.

Входные параметры

расширить все

bwa index опции, заданные как вектор символов или строка. S должно быть в bwa index собственный синтаксис (с префиксом штриха).

Пример: '-a bwtsw -b 5000000'

Свойства

расширить все

Алгоритм для построения индекса BWT (преобразование Burrows-Wheeler), заданного в виде вектора символов или строки. Опции:

  • 'is' - Алгоритм линейного времени. Требования к памяти для использования этой опции в 5,37 раза превышают размер базы данных. Вы не можете использовать эту опцию, если объем базы данных превышает 2 ГБ.

  • 'bwtsw' - алгоритм BWT-SW.

Алгоритм по умолчанию выбирается автоматически на основе размера эталонного генома.

Типы данных: char | string

Количество основ, обрабатываемых за пакет в bwtsw алгоритм, заданный как положительная скалярная величина.

Типы данных: double

Дополнительные команды, заданные как вектор символов или строка.

Команды должны быть в собственном синтаксисе (с префиксом один или два штриха). Используйте эту опцию для применения недокументированных флагов и флагов без соответствующего MATLAB® свойства.

Когда программа преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, она сохраняет все неопознанные флаги в этом свойстве.

Пример: '-6'

Типы данных: char | string

Флаг для включения всех доступных опций с соответствующими значениями по умолчанию во время преобразования в синтаксис исходных опций, заданный как true или false.

Исходный (нативный) синтаксис префиксируется одним или двумя штрихами. По умолчанию функция преобразует только указанные опции. Если значение trueпрограммное обеспечение преобразует все доступные опции со значениями по умолчанию для неопределенных опций в исходный синтаксис.

Примечание

Если вы задаете IncludeAll на trueпрограммное обеспечение преобразует все доступные свойства со значениями по умолчанию для неопределенных свойств. Единственным исключением является то, что когда значение по умолчанию свойства NaN, Inf, [], '', или "", тогда программное обеспечение не преобразует соответствующее свойство.

Типы данных: logical

Префикс для выходных файлов индекса, заданный как вектор символов или строка. Можно задать только префикс или путь к файлу и префикс. Значение по умолчанию совпадает с входом файла FASTA.

Пример: 'D:/ngs/GRCh38_p12'

Типы данных: char | string

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия исходного bwa программное обеспечение, возвращаемое как строка.

Пример: "0.7.17"

Типы данных: string

Функции объекта

getCommandПереведите свойства объекта в синтаксис исходных опций
getOptionsTableВозвращает таблицу со всеми свойствами и эквивалентными опциями в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Этот пример требует пакета поддержки BWA для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, программное обеспечение предоставляет ссылку для загрузки. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Создайте набор файлов индекса для генома дрозофилы. Этот пример использует ссылочную последовательность Dmel_chr4.fa, поставляется с тулбоксом. The 'Prefix' Аргумент позволяет вам задать префикс выходных файлов индекса. Можно также включать информацию о пути к файлу. В данном примере задайте префикс следующим Dmel_chr4 и сохраните файлы индекса в текущей директории.

bwaindex('Dmel_chr4.fa','Prefix','./Dmel_chr4');

В качестве альтернативы указанию аргументов пары "имя-значение" можно использовать BWAIndexOptions Объект, чтобы задать опции индексации.

indexOpt = BWAIndexOptions;
indexOpt.Prefix = './Dmel_chr4';
indexOpt.Algorithm = 'bwtsw';
bwaindex('Dmel_chr4.fa',indexOpt);

Когда файлы индекса будут готовы, сопоставьте последовательности чтения со ссылкой с помощью bwamem. Два входных файлов считывания в паре уже поставляются с тулбоксом. Используя аргументы пары "имя-значение", можно задать различные опции выравнивания, такие как количество параллельных потоков для использования.

bwamem('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam','NumThreads',4);

Также можно использовать BWAMEMoptions для задания опций выравнивания.

alignOpt = BWAMEMOptions;
alignOpt.NumThreads = 4;
bwamem('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam',alignOpt)

Ссылки

[1] Ли, Хэн и Ричард Дурбин. Быстрая и точная выравнивание при коротком считывании с преобразованием Burrows-Wheeler. Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754-60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.

[2] Ли, Хэн и Ричард Дурбин. Быстрая и точная выравнивание при долгом чтении с преобразованием Burrows-Wheeler. Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589-95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.

См. также

Темы

Введенный в R2020b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте