getOptionsTable

Возвращает таблицу со всеми свойствами и эквивалентными опциями в исходном синтаксисе

Свернуть все на странице

Синтаксис

tbl = getOptionsTable(optionsObject)

Описание

пример

tbl = getOptionsTable(optionsObject) возвращает таблицу со всеми свойствами объекта и эквивалентными опциями в исходном (нативном) синтаксисе.

Примеры

свернуть все

Создайте CufflinksOptions объект.

Примечание

getOptionsTable также работает с другими объектами опций. Полный список объектов см. в разделе optionsObject.

opt = CufflinksOptions;

Получите эквивалентные исходные опции для всех свойств объекта.

getOptionsTable(opt)
ans =

  35×3 table

                                        PropertyName                         FlagName                 FlagShortName
                                 ___________________________    __________________________________    _____________

    EffectiveLengthCorrection    'EffectiveLengthCorrection'    '--no-effective-length-correction'        ''       
    FauxReadTiling               'FauxReadTiling'               '--no-faux-reads'                         ''       
    FragmentBiasCorrection       'FragmentBiasCorrection'       '--frag-bias-correct'                     '-b'     
    FragmentLengthMean           'FragmentLengthMean'           '--frag-len-mean'                         '-m'     
    FragmentLengthSTD            'FragmentLengthSTD'            '--frag-len-std-dev'                      '-s'     
    GTFGuide                     'GTFGuide'                     '--GTF-guide'                             '-g'     
    IntronOverhangTolerance      'IntronOverhangTolerance'      '--intron-overhang-tolerance'             ''       
    JunctionAlpha                'JunctionAlpha'                '--junc-alpha'                            '-a'     
    LengthCorrection             'LengthCorrection'             '--no-length-correction'                  ''       
    MaskFile                     'MaskFile'                     '--mask-file'                             '-M'     
    MaxBundleFrags               'MaxBundleFrags'               '--max-bundle-frags'                      ''       
    MaxBundleLength              'MaxBundleLength'              '--max-bundle-length'                     ''       
    MaxFragAlignments            'MaxFragAlignments'            '--max-frag-multihits'                    ''       
    MaxIntronLength              'MaxIntronLength'              '--max-intron-length'                     '-I'     
    MaxMLEIterations             'MaxMLEIterations'             '--max-mle-iterations'                    ''       
    MinFragsPerTransfrag         'MinFragsPerTransfrag'         '--min-frags-per-transfrag'               ''       
    MinIntronLength              'MinIntronLength'              '--min-intron-length'                     ''       
    MinIsoformFraction           'MinIsoformFraction'           '--min-isoform-fraction'                  '-F'     
    MultiReadCorrection          'MultiReadCorrection'          '--multi-read-correct'                    '-u'     
    NormalizeCompatibleHits      'NormalizeCompatibleHits'      '--compatible-hits-norm'                  ''       
    NormalizeTotalHits           'NormalizeTotalHits'           '--total-hits-norm'                       ''       
    NumFragAssignmentSamples     'NumFragAssignmentSamples'     '--num-frag-assign-draws'                 ''       
    NumFragSamples               'NumFragSamples'               '--num-frag-count-draws'                  ''       
    NumThreads                   'NumThreads'                   '--num-threads'                           '-p'     
    OutputDirectory              'OutputDirectory'              '--output-dir'                            '-o'     
    OverhangTolerance            'OverhangTolerance'            '--overhang-tolerance'                    ''       
    OverhangTolerance3           'OverhangTolerance3'           '--3-overhang-tolerance'                  ''       
    OverlapRadius                'OverlapRadius'                '--overlap-radius'                        ''       
    PreMRNAFraction              'PreMRNAFraction'              '--pre-mrna-fraction'                     '-j'     
    ReferenceGTF                 'ReferenceGTF'                 '--GTF'                                   '-G'     
    Seed                         'Seed'                         '--seed'                                  ''       
    SmallAnchorFraction          'SmallAnchorFraction'          '--small-anchor-fraction'                 '-A'     
    TranscriptPrefix             'TranscriptPrefix'             '--label'                                 '-L'     
    TrimCoverageThreshold        'TrimCoverageThreshold'        '--trim-3-avgcov-thresh'                  ''       
    TrimDropoffFraction          'TrimDropoffFraction'          '--trim-3-dropoff-frac'                   ''

Входные параметры

свернуть все

Опции, заданные как BWAIndexOptions, BWAMEMOptions, CufflinksOptions, CuffCompareOptions, CuffMergeOptions, CuffQuantOptions, CuffDiffOptions, CuffNormOptions, или CuffGFFReadOptions объект.

Выходные аргументы

свернуть все

Свойства объекта и соответствующие им исходные опции, возвращенные как таблица.

Ссылки

[1] Trapnell, C., B. Williams, G. Pertea, A. Mortazavi, G. Kwan, J. van Baren, S. Salzberg, B. Wold и L. Pachter. 2010. Сборка транскриптов и количественная оценка РНК-Seq выявляет неаннотированные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки камер. Биотехнология природы. 28:511–515.

[2] Ли, Хэн и Ричард Дурбин. Быстрая и точная выравнивание при коротком считывании с преобразованием Burrows-Wheeler. Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754-60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.

[3] Ли, Хэн и Ричард Дурбин. Быстрая и точная выравнивание при долгом чтении с преобразованием Burrows-Wheeler. Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589-95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.

См. также

| | | | | | | |

Введенный в R2019a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте