Bioinformatics Toolbox™ предоставляет пакеты поддержки для различных рабочих процессов и анализов секвенирования следующего поколения. Чтобы сделать пакет поддержки доступным в MATLAB® командная строка, сначала необходимо установить ее.
Для установки пакета поддержки выполните следующие действия.
В Environment разделе панели инструментов MATLAB выберите Add-Ons > Get Add-Ons.
В Add-On Explorer выполните поиск пакета поддержки, который необходимо установить, введя его имя.
Установите пакет поддержки.
Для получения дополнительной информации об установке дополнений см. раздел «Получение и управление дополнениями». Для получения другой информации смотрите дополнения.
В следующей таблице перечислены все пакеты поддержки Bioinformatics Toolbox, доступные для загрузки в качестве дополнений.
Имя пакета поддержки | Версия† | Соответствующие функции MATLAB | Поддерживаемая ОС |
|---|---|---|---|
| Mac и UNIX® | ||
Пакет поддержки Cufflinks для набора Bioinformatics Toolbox [2] |
|
| Mac и UNIX |
| Mac и UNIX |
†Версия оригинального (стороннего) программного обеспечения
[1] Лэнгмед, Бен и Стивен Л Зальцберг. «Быстрая подгонка-чтение выравнивания с Bowtie 2». Методы природы 9, № 4 (апрель 2012 года): 357-59. https://doi.org/10.1038/nmeth.1923.
[2] Трапнелл, Коул, Брайан А Уильямс, Гео Пертея, Али Мортазави, Гордон Кван, Марийке Дж. Ван Барен, Стивен Л Зальцберг, Барбара Дж. Уолд и Лиор Пахтер. «Сборка транскрипта и количественное определение РНК-Seq обнаруживает неаннотированные транскрипты и переключение изоформы во время дифференциации камер». Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511-15.
[3] Ли, Хэн и Ричард Дурбин. Быстрая и точная выравнивание при долгом чтении с преобразованием Burrows-Wheeler. Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589-95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.
[4] Ли, Хэн и Ричард Дурбин. Быстрая и точная выравнивание при коротком считывании с преобразованием Burrows-Wheeler. Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754-60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.