clusterGroup

Выбор группы кластеров

Свернуть все на странице

Синтаксис

clusterGroup(cgObj1,groupIndex,dim)
cgObj2 = clusterGroup(cgObj1,groupIndex,dim)
cgObj2 = clusterGroup(cgObj1,groupIndex,dim,'InfoOnly',tf_InfoOnly)
cgObj2 = clusterGroup(cgObj1,groupIndex,dim,'Color',colorChoice)

Описание

пример

clusterGroup(cgObj1,groupIndex,dim) выбирает и подсвечивает группу кластеров, заданную в groupIndex вдоль размерности строки или столбца dim в окне Clustergram.

пример

cgObj2 = clusterGroup(cgObj1,groupIndex,dim) создает и возвращает объект clustergram cgObj2 для указанной группы кластеров. Этот синтаксис эквивалентен выбору Export Group to Workspace опция из контекстного меню после щелчка правой кнопкой мыши по группе в окне Clustergram.

cgObj2 = clusterGroup(cgObj1,groupIndex,dim,'InfoOnly',tf_InfoOnly) задает, возвращать ли группу кластеров как структуру или объект кластерграммы.

cgObj2 = clusterGroup(cgObj1,groupIndex,dim,'Color',colorChoice) задает цвет, используемый для подсветки дендрограммы выбранной группы кластеров.

Примеры

свернуть все

Загрузите данные микромассивов, содержащие некоторые измерения уровней экспрессии генов.

load filteredyeastdata

Создайте объект кластерграмма и отобразите тепловую карту из данных экспрессии гена.

cgo = clustergram(yeastvalues(1:30,:),'Standardize','Row')
Clustergram object with 30 rows of nodes and 7 columns of nodes.

Из командной строки используйте clusterGroup функция для выбора и выделения кластера столбцов группы 4 в окне Clustergram.

cgroup4 = clusterGroup(cgo,4,'column')
Clustergram object with 30(30) rows of nodes and 4(7) columns of nodes.

Входные параметры

свернуть все

Объект кластерграмма, заданный как clustergram объект.

Групповой индекс для группы кластеров в cgObj1, заданный как положительное целое число.

Пример: 4

Типы данных: double

Размерность группы кластеров, заданное как 'row' или 'column'.

Пример: 'row'

Типы данных: char

Флаг для возврата структуры вместо объекта кластерграмма, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

Цвет для подсветки дендрограммы выбранной группы кластеров, заданный как вектор символов или трехэлементный числовой вектор значений RGB. Для примера, чтобы использовать голубой, задайте [0 1 1], 'c', или 'cyan'.

Дополнительные сведения об указании цветов см. в разделе «Опции цвета».

Пример: 'red'

Типы данных: double | char

Выходные аргументы

свернуть все

Выбранная группа кластеров, возвращенная как объект или структура кластерграммы. Если вы задаете 'InfoOnly' как true, функция возвращается cgObj2 как структура.

Подробнее о

свернуть все

Цветовые опции

Ниже списки предопределенные цвета и их триплеты RGB. Краткие имена и длинные имена являются векторами символов, которые задают один из восьми предустановленных цветов. Триплет RGB представляет собой трехэлементный вектор-строку, элементы которого определяют интенсивность красных, зеленых и синих компонентов цвета; интенсивность должна быть в области значений [0 1].

Триплет RGB

Краткое имя

Длинное имя

[1 1 0]

y

yellow

[1 0 1]

m

magenta

[0 1 1]

c

cyan

[1 0 0]

r

red

[0 1 0]

g

green

[0 0 1]

b

blue

[1 1 1]

w

white

[0 0 0]

k

black

См. также

|

Введенный в R2009b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте