HeatMap

Объект, содержащий свойства отображения матрицы и тепловой карты

развернуть все на странице

Описание

HeatMap функция создает HeatMap объект. Можно использовать объект для отображения тепловой карты (2-D цветного изображения) матричных данных.

Создание

Синтаксис

HeatMap(data)
HeatMap(data,Name,Value)

Описание

пример

hmObj = HeatMap(data) отображает тепловую карту (2-D цветное изображение) data и возвращает объект, содержащий свойства данных и отображения.

пример

hmObj = HeatMap(data,Name,Value) устанавливает свойства объекта с помощью пар "имя-значение". Для примера, HeatMap(data,'Annotate',true) отображает значения данных в тепловой карте. Можно задать несколько пары "имя-значение". Заключайте каждое имя свойства в кавычки.

Входные параметры

расширить все

Данные тепловой карты, заданные как объект DataMatrix или числовая матрица.

Аргументы в виде пар имя-значение

Используйте разделенные запятыми аргументы пары "имя-значение", чтобы задать свойства объекта. Заключайте каждое имя свойства в одинарные кавычки.

Пример: hm = HeatMap(data,'Colormap',redbluecmap,'Annotate',true)

Свойства

расширить все

Размерность для стандартизации значений данных, заданная как вектор символов, строка или положительное целое число. Варианты:

  • 'column' или 1 - стандартизация по столбцам данных.

  • 'row' или 2 - стандартизация по строкам данных.

  • 'none' или 3 - Не стандартизируйте.

Если вы задаете 'column' или 'row'функция преобразует стандартизированные значения так, чтобы среднее значение составляло 0, а стандартное отклонение составляло 1 в заданном измерении.

Пример: 'column'

Типы данных: double | char | string

Флаг для симметрии шкалы цвета тепловой карты вокруг нуля, заданный как true или false.

Пример: false

Типы данных: logical

Отображение области значений стандартизации значений, заданная как положительная скалярная величина. По умолчанию это максимальное абсолютное значение во входе data.

Для примера, если вы задаете 3, существует изменение цвета для значений между -3 и 3, но значения больше 3 являются тем же цветом, что и 3, и значения меньше -3 являются тем же цветом, что и -3.

Для примера, если вы задаете redgreencmap для 'Colormap' свойство, чистый красный цвет представляет значения, большие или равные заданному значению области значений отображения, а чистый зеленый цвет представляет значения, меньшие или равные отрицательному значению заданной области значений отображения.

Пример: 3

Типы данных: double

цвета тепловой карты, заданные как трехколоночная (M -by-3) матрица красно-зелено-синих (RGB) значений или имя указателя на функцию, который возвращает палитру, например redgreencmap или redbluecmap.

Палитра по умолчанию redgreencmap, в котором красный цвет представляет значения выше среднего, черный цвет представляет среднее, а зеленый цвет представляет значения ниже среднего значения строки (гена) во всех столбцах ( выборках).

Пример: redbluecmap

Типы данных: double | char

Имя указателя на функцию или указатель на функцию для ввода отсутствующих данных, заданное как вектор символов или массив ячеек. Если вы задаете массив ячеек, первый элемент должен быть именем указателя на функцию или функцию, а остальные элементы должны быть парами "имя-значение", используемыми в качестве входов для функции. Отсутствующие точки данных имеют серый цвет в тепловой карте.

Если точки данных отсутствуют, можно использовать это свойство для ввода отсутствующих значений.

Пример: 'func1'

Типы данных: char

Метки столбцов, заданные как строковый вектор, массив ячеек из векторов символов или числовой вектор. Размер вектора должен совпадать с количеством столбцов в вход data.

Пример: ["sample1","sample2","sample3"]

Типы данных: double | string | cell

Метки строк, заданные как строковый вектор, массив ячеек из векторов символов или числовой вектор. Размер вектора должен совпадать с количеством строк в вход data.

Пример: ["gene1","gene2","gene3"]

Типы данных: double | string | cell

Ориентация меток столбцов, заданная как числовой скаляр. Задайте значение поворота в степенях (положительные углы вызывают вращение против часовой стрелки).

Пример: 30

Типы данных: double

Ориентация меток строк, заданная как числовой скаляр. Задайте значение поворота в степенях (положительные углы вызывают вращение против часовой стрелки).

Пример: 30

Типы данных: double

Флаг для отображения значений данных в тепловой карте, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

Отображение точности значений данных в тепловой карте в виде числового скаляра. Количество цифр точности по умолчанию 2.

Пример: 3

Типы данных: double

Текстовый цвет отображаемых значений данных в тепловой карте, заданный как вектор символов, строка или трехэлементный числовой вектор. Для примера, чтобы использовать голубой, можно ввести [0 1 1], 'c', "c", "cyan", или 'cyan'. Для получения дополнительной информации смотрите Опции цвета.

Пример: 'red'

Типы данных: char | string | double

Предупреждение

Это свойство будет удалено в следующем релизе. Задайте LabelsWithMarkers на true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Информация о цвете меток столбцов, заданная как структура или массив структур.

Для одной структуры необходимо задать следующие поля:

  • Labels - Массив ячеек из символьных векторов, задающий метки столбцов, перечисленные в ColumnLabels свойство.

  • Colors - Символьный вектор или строка, задающая цвет для меток столбцов. Если это поле пустое, используется цвет по умолчанию (черный).

Для массива структур необходимо задать один элемент в каждом поле для каждой структуры.

  • Labels - Вектор символов или строка, задающая метку столбца, указанную в ColumnLabels свойство.

  • Colors - Символьный вектор или строка, задающая цвет для меток столбцов. Если это поле пустое, используется цвет по умолчанию (черный).

Дополнительные сведения об указании цветов см. в разделе «Опции цвета».

Типы данных: struct

Предупреждение

Это свойство будет удалено в следующем релизе. Задайте LabelsWithMarkers на true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Информация о цвете меток строк, заданная как структура или массив структур.

Для одной структуры она должна иметь следующие поля.

  • Labels - Массив ячеек из символьных векторов, задающий метки строк, перечисленные в RowLabels свойство.

  • Colors - Вектор символов или строка, задающая цвет для меток строк. Если это поле пустое, используется цвет по умолчанию (черный).

Для массива структур каждая структура должна иметь один элемент в каждом поле.

  • Labels - Вектор символов или строка, задающая метку строки, указанную в RowLabels свойство.

  • Colors - Вектор символов или строка, задающая цвет для меток строк. Если это поле пустое, используется цвет по умолчанию (черный).

Дополнительные сведения об указании цветов см. в разделе «Опции цвета».

Флаг для отображения цветных маркеров вместо цветного текста для меток строк и столбцов, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

Функции объекта

viewОтобразите тепловую карту или кластерграмму
plotОтобразите тепловую карту или кластерграмму
addTitleДобавьте заголовок в тепловую карту или кластерграмму
addXLabelПометьте x -ось тепловой карты или кластерграммы
addYLabelПометьте y -ось тепловой карты или кластерграммы

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Создайте матрицу данных.

data = gallery('invhess',20);

Отображение 2-D тепловой карты данных.

hmo = HeatMap(data);
             Standardize: '[column | row | {none}]'
               Symmetric: '[true | false].'
            DisplayRange: 'Scalar.'
                Colormap: []
               ImputeFun: 'string -or- function handle -or- cell array'
            ColumnLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
               RowLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
      ColumnLabelsRotate: []
         RowLabelsRotate: []
                Annotate: '[on | {off}]'
          AnnotPrecision: []
              AnnotColor: []
       ColumnLabelsColor: 'A structure array.'
          RowLabelsColor: 'A structure array.'
       LabelsWithMarkers: '[true | false].'
    ColumnLabelsLocation: '[ top | {bottom} ]'
       RowLabelsLocation: '[ {left} | right ]'

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains an object of type image.

Отобразите значения данных в тепловой карте.

hmo.Annotate = true;
view(hmo)

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 401 objects of type image, text.

Используйте plot функция для отображения тепловой карты на другом рисунке, заданной указателем на рисунок fH.

fH = figure;
hA = plot(hmo,fH);

Figure contains an axes. The axes contains 401 objects of type image, text.

Используйте указатель на возвращённые оси hA для задания свойств осей.

hA.Title.String = 'Inverse of an Upper Hessenberg Matrix';
hA.XTickLabelMode = 'auto';
hA.YTickLabelMode = 'auto';

Figure contains an axes. The axes with title Inverse of an Upper Hessenberg Matrix contains 401 objects of type image, text.

Открыть Live Script

Загрузите выборку данных экспрессии генов. 

load bc_train_filtered

Отобразите тепловую карту значений экспрессии генов для 4918 генов из 78 выборок.

hmo = HeatMap(bcTrainData.Log10Ratio);
             Standardize: '[column | row | {none}]'
               Symmetric: '[true | false].'
            DisplayRange: 'Scalar.'
                Colormap: []
               ImputeFun: 'string -or- function handle -or- cell array'
            ColumnLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
               RowLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
      ColumnLabelsRotate: []
         RowLabelsRotate: []
                Annotate: '[on | {off}]'
          AnnotPrecision: []
              AnnotColor: []
       ColumnLabelsColor: 'A structure array.'
          RowLabelsColor: 'A structure array.'
       LabelsWithMarkers: '[true | false].'
    ColumnLabelsLocation: '[ top | {bottom} ]'
       RowLabelsLocation: '[ {left} | right ]'

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Добавить заголовок к тепловой карте красным цветом. 

title = addTitle(hmo,'Gene Expression Data','Color','red');

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Измените размер шрифта заголовка.

title.FontSize = 12;

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Добавьте метки к оси X и оси Y.

addXLabel(hmo,'Samples','FontSize',12);
addYLabel(hmo,'Genes','FontSize',12);

Figure HeatMap 1 contains an axes. The axes contains 178 objects of type image, rectangle.

Подробнее о

расширить все

См. также

| |

Введенный в R2009b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте