Объект, содержащий данные анализа иерархической кластеризации
clustergram функция создает clustergram объект. Объект содержит данные анализа иерархической кластеризации, которые можно просмотреть в тепловой карте и дендрограмме.
cgObj = clustergram( выполняет иерархический кластеризационный анализ значений в data)data. Возвращенный объект clustergram cgObj содержит данные анализа и отображает дендрограмму и тепловую карту.
cgObj = clustergram( устанавливает свойства объекта с помощью пар "имя-значение". Для примера, data,Name,Value)clustergram(data,'Standardize','column') стандартизирует значения вдоль столбцов данных. Можно задать несколько пары "имя-значение". Заключайте каждое имя свойства в кавычки.
view | Отобразите тепловую карту или кластерграмму |
plot | Отобразите тепловую карту или кластерграмму |
addTitle | Добавьте заголовок в тепловую карту или кластерграмму |
addXLabel | Пометьте x -ось тепловой карты или кластерграммы |
addYLabel | Пометьте y -ось тепловой карты или кластерграммы |
clusterGroup | Выбор группы кластеров |
Загрузите данные микромассивов, содержащие уровни экспрессии генов Saccharomyces cerevisiae (дрожжи) во время метаболического сдвига от ферментации к дыханию [1].
load filteredyeastdata
Этот файл MAT включает три переменные, которые добавляются в рабочую область MATLAB ®:
- yeastvalues - Матрица данных экспрессии генов из -_cerevisiae_ Saccharomyces во время метаболического сдвига от ферментации к дыханию - genes - массив ячеек с номерами доступа GenBank ® для маркировки строк в yeastvalues - times - вектор значений времени для маркировки столбцов в yeastvalues
Создайте объект кластерграмма, чтобы отобразить тепловую карту из данных экспрессии генов в первых 30 строках yeastvalues матрица и стандартизация вдоль строк данных.
cgo = clustergram(yeastvalues(1:30,:),'Standardize','Row')
Clustergram object with 30 rows of nodes and 7 columns of nodes.
Используйте set метод и genes и times векторы для добавления значимых меток строк и столбцов к кластерной грамме.
set(cgo,'RowLabels',genes(1:30),'ColumnLabels',times)
Добавить цветовую панель к кластерной грамме можно нажав на Insert Colorbar кнопку на панели инструментов.
Щелкните мышью на всплывающей подсказке, содержащей значение интенсивности, метку строки и метку столбца для определенной области тепловой карты Data Cursor кнопку на панели инструментов, затем щелкните по области в тепловой карте. Чтобы удалить эту всплывающую подсказку, щелкните ее правой кнопкой мыши и выберите Delete Current Datatip.
Отобразите значения интенсивности для каждой области тепловой карты, нажав кнопку Аннотировать (Annotate) на панели инструментов. Снова нажмите кнопку «Аннотации», чтобы удалить значения интенсивности.
Tip: If the amount of data is large enough, the cells within the clustergram are too small to display the intensity annotations. Zoom in to see the intensity annotations.
Удалите древовидные схемы дендрограммы из рисунка, нажав кнопку «Показать дендрограмму» на панели инструментов. Щелкните его еще раз, чтобы отобразить дендрограммы.
Используйте get метод отображения свойств объекта кластерграмма, cgo.
get(cgo)
Cluster: 'ALL'
RowPDist: {'Euclidean'}
ColumnPDist: {'Euclidean'}
Linkage: {'Average'}
Dendrogram: {}
OptimalLeafOrder: 1
LogTrans: 0
DisplayRatio: [0.2000 0.2000]
RowGroupMarker: []
ColumnGroupMarker: []
ShowDendrogram: 'on'
Standardize: 'ROW'
Symmetric: 1
DisplayRange: 3
Colormap: [11x3 double]
ImputeFun: []
ColumnLabels: {1x7 cell}
RowLabels: {30x1 cell}
ColumnLabelsRotate: 90
RowLabelsRotate: 0
Annotate: 'off'
AnnotPrecision: 2
AnnotColor: 'w'
ColumnLabelsColor: []
RowLabelsColor: []
LabelsWithMarkers: 0
Измените параметры кластеризации путем изменения метода редактирования и изменения цвета групп узлов в дендрограмме, редактирование меньше порога 3.
set(cgo,'Linkage','complete','Dendrogram',3)
Установите курсор на узле ветви в дендрограмме, чтобы подсветить (синяя) связанную с ней группу. Нажмите и удерживайте кнопку мыши, чтобы отобразить всплывающую подсказку с указанием номера группы и узлов (генов или выборок) в группе.
Щелкните правой кнопкой мыши узел ветви в дендрограмме, чтобы отобразить меню опций.
Доступны следующие опции:
- Задать цвет группы - Изменить цвет группы кластеров. - Печать группы в фигуру - Печать группы в окно рисунка. - Копировать группу в новую кластерграмму - Копировать группу в новое окно кластерграммы. - Экспорт группы в рабочую область - Создайте объект кластерграммы группы в рабочем пространстве MATLAB. - Экспорт информации о группе в рабочую область - создание структуры, содержащей информацию о группе, в рабочем пространстве MATLAB. Структура содержит следующие поля:
- GroupNames - Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена групп строк или столбцов. - RowNodeNames - Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена узлов строк. - ColumnNodeNames - Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена узлов столбцов. - ExprValues - матрица M-на-N значений интенсивности, где M и N являются количеством узлов строк и узлов столбцов соответственно. Если матрица содержит данные экспрессии генов, обычно каждая строка соответствует гену, и каждый столбец соответствует выборке.
Создайте объект кластерграмма для группы 18 в рабочем пространстве MATLAB. Щелкните правой кнопкой мыши Группу 18 и выберите Экспортировать группу в рабочую область. В диалоговом окне «Экспорт в рабочую область» введите Group18и нажмите кнопку ОК.
Используйте view метод для просмотра объекта кластерграмма, Group18.
view(Group18)
Просмотрите все данные экспрессии генов с помощью расхождения красных и синих палитр и стандартизируйте вдоль строк данных.
cgo_all = clustergram(yeastvalues,'Colormap',redbluecmap,'Standardize','Row')
Clustergram object with 614 rows of nodes and 7 columns of nodes.
Создайте массивы структур, чтобы задать цвета маркера и аннотации для двух групп строк (510 и 593) и двух групп столбцов (4 и 5).
rm = struct('GroupNumber',{510,593},'Annotation',{'A','B'},... 'Color',{'b','m'}); cm = struct('GroupNumber',{4,5},'Annotation',{'Time1','Time2'},... 'Color',{[1 1 0],[0.6 0.6 1]});
Используйте RowGroupMarker и ColumnGroupMarker свойства для добавления маркеров цвета и аннотаций к кластерной грамме.
set(cgo_all,'RowGroupMarker',rm,'ColumnGroupMarker',cm)
[1] DeRisi, J. L. «Исследование метаболического и генетического контроля экспрессии генов в геномной шкале». Наука 278, № 5338 (24 октября 1997): 680-86.