CuffGFFReadOptions

Набор опций для cuffgffread

Описание

A CuffGFFReadOptions объект содержит опции для cuffgffread функция, которая фильтрует и преобразует файлы GFF и GTF [1].

Создание

Синтаксис

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(Name,Value)

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(S)

Описание

пример

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions создает CuffGFFReadOptions объект со значениями свойств по умолчанию.

CuffGFFReadOptions требуется пакет поддержки Cufflinks для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

CuffGFFReadOptions поддерживается в Mac и UNIX^® только платформы.

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(Name,Value) устанавливает свойства объекта с помощью одного или нескольких аргументов пары "имя-значение". Заключайте каждое имя свойства в кавычки. Для примера, cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions('DiscardSingleExon',true) отбрасывает транскрипты, охватывающие один экзон.

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(S) задает необязательные параметры с помощью строкового или символьного вектора S.

Входные параметры

расширить все

`S` — `cuffgffread` опции
строка | вектор символов

cuffgffread опции, заданные как строковый или символьный вектор. S должен быть в исходном gffread синтаксис опции (префикс одним или двумя штрихами).

Пример: '-U'

Свойства

расширить все

`AppendDescription` - Флаг для добавления описаний файлов к `descr` признак
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для добавления описаний файлов из файлов последовательности в descr атрибут выходной записи GFF, заданный как true или false. Задайте файлы последовательности с помощью SequenceInfo опция.

Пример: true

Типы данных: logical

`CheckOppositeStrand` - Флаг для проверки противоположной цепи при проверке на внутрикадровые стоповые кодоны
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для проверки противоположной цепи при проверке на наличие внутрикадровых стоповых кодонов, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`CheckPhase` - Флаг для настройки фазы последовательности кодирования
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для корректировки фазы последовательности кодирования при проверке на наличие в кадре стоповых кодонов, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`Cluster` - Флаг для кластера входных транскриптов в loci
`true` (по умолчанию) | `false`

Флаг для кластеризации входных транскриптов в локусы, заданный как true или false. Эта опция аналогична опции Merge свойство, за исключением того, что оно не свернет полностью содержащиеся транскрипты с идентичными интронами.

Пример: false

Типы данных: logical

`CodingOnly` - Флаг, чтобы отбросить транскрипты без кодирующей последовательности
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для сброса транскриптов без функций кодирующей последовательности (CDS), заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`CollapseContainer` - Флаг для свертывания полносодержащих транскриптов
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для свертки полностью содержащихся транскриптов, которые короче с меньшим количеством интронов, чем контейнер, заданный как true или false. Это свойство применяется только при установке Merge на true.

Пример: true

Типы данных: logical

`CollapseFull` - Флаг, чтобы свернуть более короткие транскрипты, перекрывающиеся, по крайней мере, на 80% с другим экзоном
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для свертки более коротких транскриптов, перекрывающихся, по крайней мере, на 80% с другим единственным транскриптом экзона, заданный как true или false. Это свойство применяется только при установке Merge на true.

Пример: true

Типы данных: logical

`CoordinateRange` - Геномная область значений для фильтрации транскриптов
строка | вектор символов

Геномная область значений для фильтрации транскриптов, заданный как строковый или символьный вектор. Формат должен быть "[[<strand>]<chr>:]<start>..<end>", где start и end являются геномными положениями, chr является необязательным именем хромосомы или contig и необязательным strand ('+' или '-').

Пример: “+NC_000912.1:4821..7340”

Типы данных: char | string

`DiscardInvalidCDS` - Флаг, чтобы игнорировать транскрипты мРНК, либо не имеющие стартового, либо стопового кодона, либо имеющие в кадре стоповый кодон
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для игнорирования транскриптов мРНК, либо не имеющих стартового, либо стопового кодона, либо имеющих в кадре стоповый кодон, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`DiscardNonCanonicalSplice` - Флаг, чтобы игнорировать мультиксонные транскрипты мРНК, которые имеют интрон с неканонической последовательностью сращивания
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг, чтобы игнорировать мультиксонные транскрипты мРНК, которые имеют интрон с неканонической последовательностью сращивания, заданный как true или false. Неканоническая последовательность сращивания - это любая последовательность сращивания, отличная от "GT-AG", "CG-AG", или "AT-AC".

Пример: true

Типы данных: logical

`DiscardSingleExon` - Флаг, чтобы игнорировать транскрипты, охватывающие один экзон
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг, чтобы игнорировать транскрипты, охватывающие один экзон, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`DiscardTerminatedCDS` - Флаг, чтобы игнорировать транскрипты с внутрикадровым стоповым кодоном
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для игнорирования транскриптов с внутрикадровым стоповым кодоном, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`ExtraCommand` - Дополнительные команды
`""` (по умолчанию) | вектор символов | строка

Команды должны быть в собственном синтаксисе (с префиксом один или два штриха). Используйте эту опцию для применения недокументированных флагов и флагов без соответствующего MATLAB^® свойства.

Когда программа преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, она сохраняет все неопознанные флаги в этом свойстве.

Пример: "-E"

Типы данных: char | string

`FastaCDSFile` - Имя файла для сохранения сращенных последовательностей кодирования
строка | вектор символов

Имя файла для сохранения сращенных последовательностей кодирования в формате FASTA, заданное как строковый или символьный вектор.

Пример: "splicedCoding.FASTA"

Типы данных: char | string

`FastaExonsFile` - Имя файла для сохранения сращенных экзонов
строка | вектор символов

Имя файла для сохранения сращенных экзонов в формате FASTA, заданное как строковый или символьный вектор.

Пример: "splicedExon.FASTA"

Типы данных: char | string

`FastaProteinFile` - Имя файла для сохранения трансляции белка кодирующих последовательностей
строка | вектор символов

Имя файла для сохранения трансляции белка кодирующих последовательностей в формате FASTA, заданном как строковый или символьный вектор.

Пример: "translated.FASTA"

Типы данных: char | string

`FirstExonOnly` - Флаг для анализа дополнительных атрибутов только из первого экзона
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для анализа дополнительных атрибутов только из первого экзона, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`ForceExons` - Флаг для перечисления функций GFF самого низкого уровня в качестве признаков экзона
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для перечисления функций GFF самого низкого уровня в качестве признаков экзона в файле выхода, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`FullyContained` - Флаг, чтобы сбросить транскрипты, не содержащиеся полностью
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для сброса транскриптов, не содержащихся полностью в области значений, указанный как true или false. Задайте область значений используя CoordinateRange опция.

Пример: true

Типы данных: logical

`GTFOutput` - Флаг для вывода файлов транскрипта GTF-формата
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для вывода файлов транскрипта GTF-формата, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`IncludeAll` - Флаг, чтобы использовать все свойства объекта
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для включения всех свойств объекта с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в синтаксис исходных опций, заданный как true или false. Можно преобразовать свойства в исходный синтаксис, префиксированный одним или двумя штрихами (такими как '-d 100 -e 80') при помощи getCommand. Значение по умолчанию false означает, что, когда вы вызываете getCommand(optionsObject)преобразует только указанные свойства. Если значение true, getCommand преобразует все доступные свойства со значениями по умолчанию для неопределенных свойств в исходный синтаксис.

Примечание

Если вы задаете IncludeAll на trueпрограммное обеспечение преобразует все доступные свойства со значениями по умолчанию для неопределенных свойств. Единственным исключением является то, что когда значение по умолчанию свойства NaN, Inf, [], '', или "", тогда программное обеспечение не преобразует соответствующее свойство.

Пример: true

Типы данных: logical

`MaxIntronLength` - Максимальная длина интрона для транскрипта, которая должна быть включена в выход
`Inf` (по умолчанию) | положительное целое число

Максимальная длина интрона для включения транскрипта в файл выхода, заданная как положительное целое число. Inf, значение по умолчанию, не устанавливает предела на длину интрона.

Пример: 500

Типы данных: double

`Merge` - Флаг для слияния транскриптов с локусами
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для слияния транскриптов в локусы путем свертывания транскриптов с идентичными интронами, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`MergeCloseExons` - Флаг для объединения экзонов в один экзон
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для объединения экзонов в один экзон при разделении менее чем 4 интронами с базовой парой, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`MergeInfoFile` - Имя файла для сохранения информации о дубликатах при слиянии
строка | вектор символов

Имя файла для сохранения информации о дубликатах при слиянии, заданное как строковый или символьный вектор. Это свойство применяется только при установке Merge на true.

Пример: "duplicates.txt"

Типы данных: char | string

`PreserveAttributes` - Флаг для сохранения всех атрибутов в выходе
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для сохранения всех атрибутов в файле выхода, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`Pseudo` - Флаг для фильтрации записей, содержащих «pseudo»
`true` (по умолчанию) | `false`

Флаг для фильтрации записей, содержащих слово «pseudo», заданный как true или false.

Пример: false

Типы данных: logical

`ReplacementTable` - Имя файла, содержащего таблицу замещения
строка | вектор символов

Имя файла, содержащего таблицу замещения, заданное как строковый или символьный вектор. Таблица должна иметь два столбца, где в первом столбце содержатся исходные идентификаторы транскриптов, а во втором - новые идентификаторы транскриптов. Ниже приведена таблица примеров.

origTranscript1	newTranscript1
origTranscript2	newTranscript2
origTranscript3	newTranscript3

Если вы предоставляете таблицу замещения, функция заменяет идентификаторы транскриптов, найденные в первом столбце, новыми идентификаторами транскриптов из второго столбца и отфильтровывает эти транскрипты, не найденные.

Пример: "replaceTbl.txt"

Типы данных: char | string

`SequenceFile` - Имя файла FASTA-формата, содержащего геномные последовательности
строка | вектор символов

Имя файла FASTA-формата, содержащего геномные последовательности для всех входных отображений, заданное как строковый или символьный вектор.

Пример: "seqs.fasta"

Типы данных: char | string

`SequenceInfo` - Имя файла с разделителем табуляций с дополнительной информацией о входной последовательности
строка | вектор символов

Имя файла с разделителем табуляцией с дополнительной информацией о каждой входной последовательности, заданное как строковый или символьный вектор. Этот файл должен иметь три столбца: столбец с именем последовательности, столбец с длиной последовательности и столбец с описанием последовательности. Если AppendDescription является trueописание последовательности включено в качестве атрибута в выходной файл GFF.

Пример: "seqinfo.txt"

Типы данных: char | string

`UrlDecode` - Флаг для декодирования кодированных URL символов в именах атрибутов
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для декодирования кодированных URL символов в именах атрибутов, заданный как true или false. Например, «транскрипт% 20description» декодируется на «описание транскрипта».

Пример: true

Типы данных: logical

`UseEnsemblConversion` - Флаг для использования GTF-to-GFF3 преобразования из Ensembl
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для использования метода преобразования GTF-to-GFF3 из Ensembl, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`UseNonTranscript` - Флаг для включения нетранскриптных записей GFF в выходной файл
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для включения нетранскриптных записей GFF в файл выхода, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`UseTrackName` - Флаг для использования имени дорожки во втором столбце выходной линии GFF
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для использования имени дорожки во втором столбце выходной линии GFF, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`Version` - Поддерживаемая версия
строка

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия программного обеспечения оригинальных запонок, возвращенная как строка.

Пример: "2.2.1"

Типы данных: string

`WriteCoordinates` - Флаг для записи координат экзона, проецируемых на сращенную последовательность
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для записи координат экзона, проецируемых на сращенную последовательность, заданный как true или false. Это свойство применяется только тогда, когда FastaExonsFile или FastaCDSFile задан.

Пример: true

Типы данных: logical

Функции объекта

`getCommand`	Переведите свойства объекта в синтаксис исходных опций
`getOptionsTable`	Возвращает таблицу со всеми свойствами и эквивалентными опциями в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Создайте объект CuffGFFReadOptions

Создайте CuffGFFReadOptions объект со значениями по умолчанию.

opt = CuffGFFReadOptions;

Создайте объект с помощью пар "имя-значение".

opt2 = CuffGFFReadOptions('DiscardSingleExon',true,'FastaExonsFile','exons.fa');

Создайте объект с помощью исходного синтаксиса.

opt3 = CuffGFFReadOptions('-U -w exons.fa')

Преобразование GTF в формат GFF

Преобразуйте файл GTF в файл GFF с сохранением всех атрибутов.

cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrABOut.gff','PreserveAttributes',true)

Можно также задать опции с помощью объекта. Для образца укажите выход в формате GTF.

opt = CuffGFFReadOptions;
opt.GTFOutput = true;
opt.PreserveAttributes = true;
cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrABOut.gtf',opt);

Если у вас есть объект options, можно извлечь эквивалентные исходные опции для всех свойств объекта, используя getOptionsTable.

getOptionsTable(opt)

ans =

  33×3 table

                                        PropertyName                FlagName        FlagShortName
                                 ___________________________    ________________    _____________

    AppendDescription            'AppendDescription'            '-A'                    ''       
    CheckOppositeStrand          'CheckOppositeStrand'          '-B'                    ''       
    CheckPhase                   'CheckPhase'                   '-H'                    ''       
    Cluster                      'Cluster'                      '--cluster-only'        ''       
    CodingOnly                   'CodingOnly'                   '-C'                    ''       
    CollapseContainer            'CollapseContainer'            '-K'                    ''       
    CollapseFull                 'CollapseFull'                 '-Q'                    ''       
    CoordinateRange              'CoordinateRange'              '-r'                    ''       
    DiscardInvalidCDS            'DiscardInvalidCDS'            '-J'                    ''       
    DiscardNonCanonicalSplice    'DiscardNonCanonicalSplice'    '-N'                    ''       
    DiscardSingleExon            'DiscardSingleExon'            '-U'                    ''       
    DiscardTerminatedCDS         'DiscardTerminatedCDS'         '-V'                    ''       
    FastaCDSFile                 'FastaCDSFile'                 '-x'                    ''       
    FastaExonsFile               'FastaExonsFile'               '-w'                    ''       
    FastaProteinFile             'FastaProteinFile'             '-y'                    ''       
    FirstExonOnly                'FirstExonOnly'                '-G'                    ''       
    ForceExons                   'ForceExons'                   '--force-exons'         ''       
    FullyContained               'FullyContained'               '-R'                    ''       
    GTFOutput                    'GTFOutput'                    '-T'                    ''       
    MaxIntronLength              'MaxIntronLength'              '-i'                    ''       
    Merge                        'Merge'                        '--merge'               '-M'     
    MergeCloseExons              'MergeCloseExons'              '-Z'                    ''       
    MergeInfoFile                'MergeInfoFile'                '-d'                    ''       
    PreserveAttributes           'PreserveAttributes'           '-F'                    ''       
    Pseudo                       'Pseudo'                       '--no-pseudo'           ''       
    ReplacementTable             'ReplacementTable'             '-m'                    ''       
    SequenceFile                 'SequenceFile'                 '-g'                    ''       
    SequenceInfo                 'SequenceInfo'                 '-s'                    ''       
    UrlDecode                    'UrlDecode'                    '-D'                    ''       
    UseEnsemblConversion         'UseEnsemblConversion'         '-L'                    ''       
    UseNonTranscript             'UseNonTranscript'             '-O'                    ''       
    UseTrackName                 'UseTrackName'                 '-t'                    ''       
    WriteCoordinates             'WriteCoordinates'             '-W'                    ''

Ссылки

[1] Трапнелл, Коул, Брайан А Уильямс, Гео Пертея, Али Мортазави, Гордон Кван, Марийке Дж. Ван Барен, Стивен Л Зальцберг, Барбара Дж. Уолд и Лиор Пахтер. «Сборка транскрипта и количественное определение РНК-Seq обнаруживает неаннотированные транскрипты и переключение изоформы во время дифференциации камер». Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511-15.

См. также

cuffcompare | cufflinks

Темы

Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox

Внешние веб-сайты

Руководство по запонкам

Введенный в R2019a

Документация

CuffGFFReadOptions

Описание

Создание

Синтаксис

Описание

Входные параметры

S — cuffgffread опции строка | вектор символов

Свойства

AppendDescription - Флаг для добавления описаний файлов к descr признак false (по умолчанию) | true

CheckOppositeStrand - Флаг для проверки противоположной цепи при проверке на внутрикадровые стоповые кодоны false (по умолчанию) | true

CheckPhase - Флаг для настройки фазы последовательности кодирования false (по умолчанию) | true

Cluster - Флаг для кластера входных транскриптов в loci true (по умолчанию) | false

CodingOnly - Флаг, чтобы отбросить транскрипты без кодирующей последовательности false (по умолчанию) | true

CollapseContainer - Флаг для свертывания полносодержащих транскриптов false (по умолчанию) | true

CollapseFull - Флаг, чтобы свернуть более короткие транскрипты, перекрывающиеся, по крайней мере, на 80% с другим экзоном false (по умолчанию) | true

CoordinateRange - Геномная область значений для фильтрации транскриптов строка | вектор символов

DiscardInvalidCDS - Флаг, чтобы игнорировать транскрипты мРНК, либо не имеющие стартового, либо стопового кодона, либо имеющие в кадре стоповый кодон false (по умолчанию) | true

DiscardSingleExon - Флаг, чтобы игнорировать транскрипты, охватывающие один экзон false (по умолчанию) | true

DiscardTerminatedCDS - Флаг, чтобы игнорировать транскрипты с внутрикадровым стоповым кодоном false (по умолчанию) | true

ExtraCommand - Дополнительные команды "" (по умолчанию) | вектор символов | строка

FastaCDSFile - Имя файла для сохранения сращенных последовательностей кодирования строка | вектор символов

FastaExonsFile - Имя файла для сохранения сращенных экзонов строка | вектор символов

FastaProteinFile - Имя файла для сохранения трансляции белка кодирующих последовательностей строка | вектор символов

FirstExonOnly - Флаг для анализа дополнительных атрибутов только из первого экзона false (по умолчанию) | true

ForceExons - Флаг для перечисления функций GFF самого низкого уровня в качестве признаков экзона false (по умолчанию) | true

FullyContained - Флаг, чтобы сбросить транскрипты, не содержащиеся полностью false (по умолчанию) | true

GTFOutput - Флаг для вывода файлов транскрипта GTF-формата false (по умолчанию) | true

IncludeAll - Флаг, чтобы использовать все свойства объекта false (по умолчанию) | true

MaxIntronLength - Максимальная длина интрона для транскрипта, которая должна быть включена в выход Inf (по умолчанию) | положительное целое число

Merge - Флаг для слияния транскриптов с локусами false (по умолчанию) | true

MergeCloseExons - Флаг для объединения экзонов в один экзон false (по умолчанию) | true

MergeInfoFile - Имя файла для сохранения информации о дубликатах при слиянии строка | вектор символов

PreserveAttributes - Флаг для сохранения всех атрибутов в выходе false (по умолчанию) | true

Pseudo - Флаг для фильтрации записей, содержащих «pseudo» true (по умолчанию) | false

ReplacementTable - Имя файла, содержащего таблицу замещения строка | вектор символов

SequenceFile - Имя файла FASTA-формата, содержащего геномные последовательности строка | вектор символов

SequenceInfo - Имя файла с разделителем табуляций с дополнительной информацией о входной последовательности строка | вектор символов

UrlDecode - Флаг для декодирования кодированных URL символов в именах атрибутов false (по умолчанию) | true

UseEnsemblConversion - Флаг для использования GTF-to-GFF3 преобразования из Ensembl false (по умолчанию) | true

UseNonTranscript - Флаг для включения нетранскриптных записей GFF в выходной файл false (по умолчанию) | true

UseTrackName - Флаг для использования имени дорожки во втором столбце выходной линии GFF false (по умолчанию) | true

Version - Поддерживаемая версия строка

WriteCoordinates - Флаг для записи координат экзона, проецируемых на сращенную последовательность false (по умолчанию) | true

Функции объекта

Примеры

Создайте объект CuffGFFReadOptions

Преобразование GTF в формат GFF

Ссылки

См. также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

`S` — `cuffgffread` опции
строка | вектор символов

`AppendDescription` - Флаг для добавления описаний файлов к `descr` признак
`false` (по умолчанию) | `true`

`CheckOppositeStrand` - Флаг для проверки противоположной цепи при проверке на внутрикадровые стоповые кодоны
`false` (по умолчанию) | `true`

`CheckPhase` - Флаг для настройки фазы последовательности кодирования
`false` (по умолчанию) | `true`

`Cluster` - Флаг для кластера входных транскриптов в loci
`true` (по умолчанию) | `false`

`CodingOnly` - Флаг, чтобы отбросить транскрипты без кодирующей последовательности
`false` (по умолчанию) | `true`

`CollapseContainer` - Флаг для свертывания полносодержащих транскриптов
`false` (по умолчанию) | `true`

`CollapseFull` - Флаг, чтобы свернуть более короткие транскрипты, перекрывающиеся, по крайней мере, на 80% с другим экзоном
`false` (по умолчанию) | `true`

`CoordinateRange` - Геномная область значений для фильтрации транскриптов
строка | вектор символов

`DiscardSingleExon` - Флаг, чтобы игнорировать транскрипты, охватывающие один экзон
`false` (по умолчанию) | `true`

`DiscardTerminatedCDS` - Флаг, чтобы игнорировать транскрипты с внутрикадровым стоповым кодоном
`false` (по умолчанию) | `true`

`ExtraCommand` - Дополнительные команды
`""` (по умолчанию) | вектор символов | строка

`FastaCDSFile` - Имя файла для сохранения сращенных последовательностей кодирования
строка | вектор символов

`FastaExonsFile` - Имя файла для сохранения сращенных экзонов
строка | вектор символов

`FastaProteinFile` - Имя файла для сохранения трансляции белка кодирующих последовательностей
строка | вектор символов

`FirstExonOnly` - Флаг для анализа дополнительных атрибутов только из первого экзона
`false` (по умолчанию) | `true`

`ForceExons` - Флаг для перечисления функций GFF самого низкого уровня в качестве признаков экзона
`false` (по умолчанию) | `true`

`FullyContained` - Флаг, чтобы сбросить транскрипты, не содержащиеся полностью
`false` (по умолчанию) | `true`

`GTFOutput` - Флаг для вывода файлов транскрипта GTF-формата
`false` (по умолчанию) | `true`

`IncludeAll` - Флаг, чтобы использовать все свойства объекта
`false` (по умолчанию) | `true`

`MaxIntronLength` - Максимальная длина интрона для транскрипта, которая должна быть включена в выход
`Inf` (по умолчанию) | положительное целое число

`Merge` - Флаг для слияния транскриптов с локусами
`false` (по умолчанию) | `true`

`MergeCloseExons` - Флаг для объединения экзонов в один экзон
`false` (по умолчанию) | `true`

`MergeInfoFile` - Имя файла для сохранения информации о дубликатах при слиянии
строка | вектор символов

`PreserveAttributes` - Флаг для сохранения всех атрибутов в выходе
`false` (по умолчанию) | `true`

`Pseudo` - Флаг для фильтрации записей, содержащих «pseudo»
`true` (по умолчанию) | `false`

`ReplacementTable` - Имя файла, содержащего таблицу замещения
строка | вектор символов

`SequenceFile` - Имя файла FASTA-формата, содержащего геномные последовательности
строка | вектор символов

`SequenceInfo` - Имя файла с разделителем табуляций с дополнительной информацией о входной последовательности
строка | вектор символов

`UrlDecode` - Флаг для декодирования кодированных URL символов в именах атрибутов
`false` (по умолчанию) | `true`

`UseEnsemblConversion` - Флаг для использования GTF-to-GFF3 преобразования из Ensembl
`false` (по умолчанию) | `true`

`UseNonTranscript` - Флаг для включения нетранскриптных записей GFF в выходной файл
`false` (по умолчанию) | `true`

`UseTrackName` - Флаг для использования имени дорожки во втором столбце выходной линии GFF
`false` (по умолчанию) | `true`

`Version` - Поддерживаемая версия
строка

`WriteCoordinates` - Флаг для записи координат экзона, проецируемых на сращенную последовательность
`false` (по умолчанию) | `true`