Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM
cuffgtf2sam( преобразует собранные транскрипты в файл GTF input,output)input в файл SAM-формата output
[1].
cuffgtf2sam требуется пакет поддержки Cufflinks для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.
Примечание
cuffgtf2sam поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.
cuffgtf2sam( использует дополнительные опции, заданные одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Для примера, input,output,Name,Value)gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true) вставляет значение FPKM в записи SAM.
[1] Трапнелл, Коул, Брайан А Уильямс, Гео Пертея, Али Мортазави, Гордон Кван, Марийке Дж. Ван Барен, Стивен Л Зальцберг, Барбара Дж. Уолд и Лиор Пахтер. «Сборка транскрипта и количественное определение РНК-Seq обнаруживает неаннотированные транскрипты и переключение изоформы во время дифференциации камер». Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511-15.
[2] Li, H., B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, G. Marth, G. Abecasis, R. Durbin и 1000 Genome Project Данных Processing Subroup. «Sequence Alignment Формат/Map и SAMtools». Биоинформатика 25, № 16 (15 августа 2009): 2078-79.