Exponenta Banner

cuffgtf2sam

Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM

Свернуть все на странице

Синтаксис

cuffgtf2sam(input,output)
cuffgtf2sam(input,output,Name,Value)

Описание

пример

cuffgtf2sam(input,output) преобразует собранные транскрипты в файл GTF input в файл SAM-формата output [1].

cuffgtf2sam требуется пакет поддержки Cufflinks для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

cuffgtf2sam поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.

cuffgtf2sam(input,output,Name,Value) использует дополнительные опции, заданные одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Для примера, gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true) вставляет значение FPKM в записи SAM.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте файл GTF в файл SAM.

cuffgtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam')

Входные параметры

свернуть все

Имена файлов входа, заданные как строка, вектор символов, строковый вектор или массив ячеек векторов символов.

Пример: 'gyrAB.gtf'

Типы данных: cell | char | string

Выходное имя файла SAM, заданное как строковый или символьный вектор.

Пример: 'gyrAB.sam'

Типы данных: char | string

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true)

Имя ссылочного файла FASTA, заданное как строковый или символьный вектор. Если вы задаете файл FASTA, функция воссоздает последовательности транскриптов путем сравнения с ссылочными последовательностями в предоставленном файле FASTA. Если вы не задаете 'ReferenceFASTA'функция опускает информацию о последовательности из выходного файла SAM.

Пример: 'ReferenceFASTA',"ref.fasta"

Типы данных: char | string

Флаг для вставки значения FPKM в записи SAM вместо фракции изоформы, заданный как true или false.

Пример: 'UseFPKM',true

Типы данных: logical

Ссылки

[1] Трапнелл, Коул, Брайан А Уильямс, Гео Пертея, Али Мортазави, Гордон Кван, Марийке Дж. Ван Барен, Стивен Л Зальцберг, Барбара Дж. Уолд и Лиор Пахтер. «Сборка транскрипта и количественное определение РНК-Seq обнаруживает неаннотированные транскрипты и переключение изоформы во время дифференциации камер». Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511-15.

[2] Li, H., B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, G. Marth, G. Abecasis, R. Durbin и 1000 Genome Project Данных Processing Subroup. «Sequence Alignment Формат/Map и SAMtools». Биоинформатика 25, № 16 (15 августа 2009): 2078-79.

См. также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка