Суперклассы:
Содержит аннотации общего формата функций (GFF)
GFFAnnotation класс содержит аннотации для одной или нескольких ссылочных последовательностей, соответствующих формату файла GFF.
Вы создаете GFFAnnotation объект из GFF- или GTF-форматированного файла. Каждый элемент объекта представляет аннотацию. Используйте свойства и методы объекта для фильтрации аннотаций по функциям, ссылочной последовательности или положениям ссылочной последовательности. Используйте методы объекта для извлечения данных для подмножества аннотаций в массив структур.
Annotobj =
GFFAnnotation(File)Annotobj, а GFFAnnotation объект, из File, GFF- или GTF-форматированный файл.
|
Вектор символов или строка, задающая GFF- или GTF-форматированный файл. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающих имена доступных полей данных для каждой аннотации в |
|
Целое число, указывающее количество аннотаций в |
| getData | Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GFFAnnotation |
| getFeatureNames | Получение уникальных имен функций из GFFAnnotation объект |
| getIndex | Возвращает массив индексов аннотаций из GFFAnnotation объект |
| getRange | Извлечение области значений аннотаций из GFFAnnotation объект |
| getReferenceNames | Извлечение имен ссылок из GFFAnnotation объект |
| getSubset | Извлечение подмножества элементов из GFFAnnotation объект |
Значение. Чтобы узнать, как классы значений влияют на операции копирования, см. раздел «Копирование объектов».
GFFAnnotation объекты поддерживают точку. индексация для извлечения свойств.
Создайте a GFFAnnotation объект из GFF-форматированного файла, который обеспечивается Bioinformatics Toolbox™:
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff')GFFAnnotObj =
GFFAnnotation with properties:
FieldNames: {'Reference' 'Start' 'Stop' 'Feature' 'Source' 'Score' 'Strand' 'Frame' 'Attributes'}
NumEntries: 3331Создайте a GFFAnnotation объект из GTF-форматированного файла, который обеспечивается Bioinformatics Toolbox:
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')GFFAnnotObj =
GFFAnnotation with properties:
FieldNames: {'Reference' 'Start' 'Stop' 'Feature' 'Source' 'Score' 'Strand' 'Frame' 'Attributes'}
NumEntries: 308