Суперклассы:
Аннотации в формате переноса генов (GTF)
GTFAnnotation класс содержит аннотации для одной или нескольких ссылочных последовательностей, соответствующих формату файла GTF.
Вы создаете GTFAnnotation объект из GTF-форматированного файла. Каждый элемент объекта представляет аннотацию. Используйте свойства и методы объекта для фильтрации аннотаций по функциям, ссылочной последовательности или положениям ссылочной последовательности. Используйте методы объекта для извлечения данных для подмножества аннотаций в массив структур.
Annotobj =
GTFAnnotation(File)Annotobj, а GTFAnnotation объект, из File, файл в формате GTF.
|
Вектор символов или строка, задающая GTF-форматированный файл. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена доступных полей данных для каждой аннотации в |
|
Целое число, указывающее количество аннотаций в |
| getData | Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GTFAnnotation объект |
| getExons | Возвращаемая таблица экзонов из GTFAnnotation объект |
| getFeatureNames | Получение уникальных имен функций из GTFAnnotation объект |
| getGeneNames | Извлечение уникальных имен генов из GTFAnnotation объект |
| getGenes | Таблица возвращений уникальных генов в GTFAnnotation объект |
| getIndex | Возвращает массив индексов аннотаций из GTFAnnotation объект |
| getRange | Извлечение области значений аннотаций из GTFAnnotation объект |
| getReferenceNames | Извлечение имен ссылок из GTFAnnotation объект |
| getSegments | Возвращает таблицу непересекающихся сегментов из GTFAnnotation объект |
| getSubset | Создайте объект, содержащий подмножество элементов из GTFAnnotation объект |
| getTranscriptNames | Получение уникальных имен транскриптов из GTFAnnotation объект |
| getTranscripts | Возвращаемая таблица уникальных транскриптов в GTFAnnotation объект |
Значение. Чтобы узнать, как классы значений влияют на операции копирования, см. раздел «Копирование объектов».
GTFAnnotation объекты поддерживают точку. индексация для извлечения свойств.
Создайте a GTFAnnotation объект из GTF-форматированного файла, который обеспечивается Bioinformatics Toolbox™:
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')GTFAnnotObj =
GTFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x11 cell}
NumEntries: 308