gethmmprof

Извлечение скрытого профиля модели Маркова (HMM) из базы данных PFAM

Синтаксис

HMMStruct = gethmmprof(PFAMName) HMMStruct = gethmmprof(PFAMNumber) HMMStruct = gethmmprof(..., 'ToFile', ToFileValue, ...) HMMStruct = gethmmprof(..., 'Mode', ModeValue, ...) HMMStruct = gethmmprof(..., 'TimeOut', TimeOutValue, ...)

Входные параметры

`PFAMName`	Вектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) записи профиля HMM в базе данных PFAM. Для примера, `'7tm_2'`.
`PFAMNumber`	Целое число, указывающее номер семейства белков записи профиля HMM в базе данных PFAM. Для примера, `2` - номер семейства белков для семейства белков `'PF00002'`.
`ToFileValue`	Вектор символов имя файла или путь и имя файла для сохранения данных. Если вы задаете только имя файла, этот файл будет сохранен в MATLAB^® Текущая папка.
`ModeValue`	Вектор символов, который задает возвращенный режим выравнивания. Варианты: `'ls'` - По умолчанию. Глобальный режим выравнивания. `'fs'` - Режим локальной выравнивания.
`TimeOutValue`	Тайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

HMMStruct Структура MATLAB, содержащая информацию для профиля HMM, полученную из базы данных PFAM.

Описание

Примечание

gethmmprof извлекает информацию из профилей PFAM-HMM, из версии формата файла HMMER2.0 в HMMER3/f.

HMMStruct = gethmmprof(PFAMName) выполняет поиск в базе данных PFAM (http://pfam.xfam.org/) записи, представленной PFAMName (имя семейства белков), извлекает информацию профиля HMM и хранит ее в HMMStruct, структуру MATLAB, содержащую следующие поля, соответствующие параметрам профиля HMM.

Область	Описание
`Name`	Имя семейства белков (уникальный идентификатор) записи профиля HMM в базе данных PFAM.
`PfamAccessionNumber`	Номер присоединения семейства белков к записи профиля HMM в базе данных PFAM.
`ModelDescription`	Описание профиля HMM.
`ModelLength`	Длина профиля (количество состояний MATCH).
`Alphabet`	Алфавит, используемый в модели, `'AA'` или `'NT'`. Примечание `AlphaLength` 20 для `'AA'` и 4 для `'NT'`.
`MatchEmission`	Вероятности излучения символов в состояниях MATCH. Формат является матрицей размера `ModelLength`-by- `AlphaLength`, где каждая строка соответствует распределению выбросов для определенного состояния MATCH.
`InsertEmission`	Вероятности излучения символов в состоянии INSERT. Формат является матрицей размера `ModelLength`-by- `AlphaLength`, где каждая строка соответствует распределению выбросов для определенного состояния INSERT.
`NullEmission`	Вероятности излучения символов в состояниях MATCH и INSERT для модели NULL. Формат: 1-by- `AlphaLength` Вектор-строка. Примечание Вероятности NULL также известны как фоновые вероятности.
`BeginX`	Вероятности перехода BEGIN. Формат: 1-by- `(ModelLength + 1)` Вектор-строка: [B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend]
`MatchX`	Вероятности перехода состояния MATCH. Формат: 4-бай- `(ModelLength - 1)` матрица: [M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend; M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1]; M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend; M1->E M2->E ... M[end-1]->E ]
`InsertX`	INSERT состояния вероятности перехода. Формат: 2-бай- `(ModelLength - 1)` матрица: [ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend; I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ]
`DeleteX`	Вероятность перехода DELETE. Формат: 2-бай- `(ModelLength - 1)` матрица: [ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ; D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ]
`FlankingInsertX`	Состояния фланцевой вставки (N и C), используемые для выравнивания профиля LOCAL. Формат является матрицей 2 на 2: [N->B C->T ; N->N C->C]
`LoopX`	Переходные вероятности состояний цикла, используемые для выравнивания нескольких ударов. Формат является матрицей 2 на 2: [E->C J->B ; E->J J->J]
`NullX`	Пустые вероятности перехода, используемые для обеспечения счетов со значениями логарифмических шансов, также для переходов состояния. Формат представляет собой вектор-столбец 2 на 1: [G->F ; G->G]

HMMStruct = gethmmprof(PFAMNumber) определяет число присоединения семейства белков из PFAMNumber (целое число), ищет в базе данных PFAM связанную запись, извлекает информацию профиля HMM и сохраняет ее в HMMStruct, структуру MATLAB.

HMMStruct = gethmmprof (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает gethmmprof с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

HMMStruct = gethmmprof(..., 'ToFile', ToFileValue, ...) сохраняет данные, возвращенные из базы данных PFAM, в файле, заданном ToFileValue.

Примечание

Вы можете считать HMM-форматированный файл обратно в программное обеспечение MATLAB, используя pfamhmmread функция.

HMMStruct = gethmmprof(..., 'Mode', ModeValue, ...) задает возвращенный режим выравнивания. Варианты:

'ls' (по умолчанию) - Глобальный режим выравнивания.
'fs' - Режим локальной выравнивания.

Для получения дополнительной информации о моделях профиля HMM, см. Модель профиля HMM.

HMMStruct = gethmmprof(..., 'TimeOut', TimeOutValue, ...) устанавливает тайм-аут подключения (в секундах), чтобы получить данные в базе данных PFAM.

Примеры

Чтобы извлечь скрытый профиль модели Маркова (HMM) для глобального выравнивания белка 7-трансмембранного рецептора в семействе секретинов, введите:

hmm = gethmmprof('7tm_2')

hmm = 

  struct with fields:

                   Name: '7tm_2'
    PfamAccessionNumber: 'PF00002.21'
       ModelDescription: '7 transmembrane receptor (Secretin family)'
            ModelLength: 241
               Alphabet: 'AA'
          MatchEmission: [241×20 double]
         InsertEmission: [241×20 double]
           NullEmission: [1×20 double]
                 BeginX: [242×1 double]
                 MatchX: [240×4 double]
                InsertX: [240×2 double]
                DeleteX: [240×2 double]
        FlankingInsertX: [2×2 double]
                  LoopX: [2×2 double]
                  NullX: [2×1 double]

См. также

gethmmalignment | hmmprofalign | hmmprofstruct | pfamhmmread | showhmmprof

Представлено до R2006a

Документация