Вектор символов или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла, URL-адрес, указывающий на файл, или текст файла в формате PFAM-HMM. Файл-ссылка является файлом в формате PFAM HMM. Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB^® путь поиска файлов или в текущей папке.

Вероятности излучения символов в состояниях MATCH.

Формат является матрицей размера ModelLength-by- AlphaLength, где каждая строка соответствует распределению выбросов для определенного состояния MATCH.

Вероятности излучения символов в состоянии INSERT.

Формат является матрицей размера ModelLength-by- AlphaLength, где каждая строка соответствует распределению выбросов для определенного состояния INSERT.

Вероятности излучения символов в состояниях MATCH и INSERT для модели NULL.

Формат: 1-by- AlphaLength Вектор-строка.

Вероятности перехода BEGIN.

Формат: 1-by- (ModelLength + 1) Вектор-строка:

[B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend]

Вероятности перехода состояния MATCH.

Формат: 4-бай- (ModelLength - 1) матрица:

[M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend;
 M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1];
 M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend;
 M1->E  M2->E  ... M[end-1]->E  ]

INSERT состояния вероятности перехода.

Формат: 2-бай- (ModelLength - 1) матрица:

[ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend;
  I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ]

Вероятность перехода DELETE.

Формат: 2-бай- (ModelLength - 1) матрица:

[ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ;
  D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ]

Состояния фланцевой вставки (N и C), используемые для выравнивания профиля LOCAL.

Формат является матрицей 2 на 2:

[N->B  C->T ;
 N->N  C->C]

Переходные вероятности состояний цикла, используемые для выравнивания нескольких ударов.

Формат является матрицей 2 на 2:

[E->C  J->B ;
 E->J  J->J]

Пустые вероятности перехода, используемые для обеспечения счетов со значениями логарифмических шансов, также для переходов состояния.

Формат представляет собой вектор-столбец 2 на 1:

[G->F ; G->G]