Считайте данные из файла в формате HMM PFAM
HMMStruct = pfamhmmread(File)
HMMStruct = pfamhmmread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
File | Вектор символов или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла, URL-адрес, указывающий на файл, или текст файла в формате PFAM-HMM. Файл-ссылка является файлом в формате PFAM HMM. Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке. Совет Вы можете использовать |
TimeOutValue | Тайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
HMMStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию из файла в формате PFAM HMM. |
Примечание
pfamhmmread считывает форматированные файлы PFAM-HMM, от версии формата HMMER2.0 до HMMER3/f.
HMMStruct = pfamhmmread(File)File, файл в формате HMM PFAM, и преобразует его в HMMStruct, структуру MATLAB, содержащую следующие поля, соответствующие параметрам профиля HMM:
| Область | Описание |
|---|---|
Name | Имя семейства белков (уникальный идентификатор) записи профиля HMM в базе данных PFAM. |
PfamAccessionNumber | Номер присоединения семейства белков к записи профиля HMM в базе данных PFAM. |
ModelDescription | Описание профиля HMM. |
ModelLength | Длина профиля (количество состояний MATCH). |
Alphabet | Алфавит, используемый в модели, 'AA' или 'NT'. Примечание
|
MatchEmission | Вероятности излучения символов в состояниях MATCH. Формат является матрицей размера |
InsertEmission | Вероятности излучения символов в состоянии INSERT. Формат является матрицей размера |
NullEmission | Вероятности излучения символов в состояниях MATCH и INSERT для модели NULL. Формат: 1-by- Примечание Вероятности NULL также известны как фоновые вероятности. |
BeginX | Вероятности перехода BEGIN. Формат: 1-by- [B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend] |
MatchX | Вероятности перехода состояния MATCH. Формат: 4-бай- [M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend; M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1]; M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend; M1->E M2->E ... M[end-1]->E ] |
InsertX | INSERT состояния вероятности перехода. Формат: 2-бай- [ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend; I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ] |
DeleteX | Вероятность перехода DELETE. Формат: 2-бай- [ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ; D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ] |
FlankingInsertX | Состояния фланцевой вставки (N и C), используемые для выравнивания профиля LOCAL. Формат является матрицей 2 на 2: [N->B C->T ; N->N C->C] |
LoopX | Переходные вероятности состояний цикла, используемые для выравнивания нескольких ударов. Формат является матрицей 2 на 2: [E->C J->B ; E->J J->J] |
NullX | Пустые вероятности перехода, используемые для обеспечения счетов со значениями логарифмических шансов, также для переходов состояния. Формат представляет собой вектор-столбец 2 на 1: [G->F ; G->G] |
HMMStruct = pfamhmmread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
Для получения дополнительной информации о моделях профиля HMM, см. Модель профиля HMM.
Считайте локально сохраненный файл в формате HMM PFAM в структуру MATLAB.
pfamhmmread('pf00002.ls')
ans =
Name: '7tm_2'
PfamAccessionNumber: 'PF00002.15'
ModelDescription: '7 transmembrane receptor (Secretin family)'
ModelLength: 293
Alphabet: 'AA'
MatchEmission: [293x20 double]
InsertEmission: [293x20 double]
NullEmission: [1x20 double]
BeginX: [294x1 double]
MatchX: [292x4 double]
InsertX: [292x2 double]
DeleteX: [292x2 double]
FlankingInsertX: [2x2 double]
LoopX: [2x2 double]
NullX: [2x1 double]gethmmalignment | gethmmprof | hmmprofalign | hmmprofstruct | showhmmprof