Класс: GFFAnotation
Возвращает массив индексов аннотаций из GFFAnnotation объект
Idx = getIndex(AnnotObj)
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)
Idx = getIndex(___,Name,Value)
Idx = getIndex(AnnotObj)Idxмассив целых чисел, содержащий индекс каждой аннотации в AnnotObj.
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)Idx для подмножества элементов, которое входит в каждую область значений ссылочной последовательности, заданный как StartPos и EndPos.
Idx = getIndex(___,Name,Value)Idx, использование любого из входных параметров из предыдущих синтаксисов и дополнительные опции, заданные одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, задающее начало области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой эталонной последовательности в |
Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.
|
Вектор символов или массив ячеек из векторов символов, задающих одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов или массив ячеек из векторов символов, задающих одни или несколько функций в |
|
Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в области значений, чтобы ее индекс был включен в
По умолчанию: |
|
Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в |
Создайте a GFFAnnotation объект с использованием GFF-форматированного файла, который обеспечивается с Bioinformatics Toolbox™.
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');
Извлеките индексы аннотаций или функций для позиций с 10 000 по 20 000 из ссылочной последовательности.
Idx = getIndex(GFFAnnotObj,10000,20000)
Idx =
61
62
63
64
65
66
67
68
69getData (GFFAnnotation) | getFeatureNames (GFFAnnotation) | getIndex (GFFAnnotation) | getRange (GFFAnnotation) | getReferenceNames (GFFAnnotation) | getSubset (GFFAnnotation) | GFFAnnotation | GTFAnnotation