imageneread

Считайте данные микромассивов из файла результатов ImaGene

Синтаксис

imagenedata = imageneread(File) imagenedata = imageneread(..., 'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...)

Аргументы

File ImaGene^® Форматированный файл результатов. Введите вектор символов или строку, указывающую имя файла или путь и имя файла.

CleanColNamesValue Управляет преобразованием любого ColumnNames содержащие пространства или символы, которые не могут использоваться в качестве MATLAB^® имена переменных, для допустимых имен переменного MATLAB. Варианты true или false (по умолчанию).

Описание

imagenedata = imageneread(File) считывает данные результатов ImaGene из File и создает imagenedata, структуру MATLAB, содержащую следующие поля.

Область
`HeaderAA`
`Data`
`Blocks`
`Rows`
`Columns`
`Fields`
`IDs`
`ColumnNames`
`Indices`
`Shape`

imagenedata = imageneread (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает imageneread с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

imagenedata = imageneread(..., 'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...) управляет преобразованием любых ColumnNames содержащие пространства или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменного MATLAB, для допустимых имен переменного MATLAB. Варианты true или false (по умолчанию).

Полевые Indices структуры содержит индексы, которые можно использовать для графического изображения тепловых карт данных с функцией image или imagesc.

Для получения дополнительной информации о формате ImaGene и примерах данных смотрите документацию ImaGene.

Примеры

В следующем примере файл cy3.txt не предусмотрен.

Прочтите в выборке файла результатов ImaGene. Обратите внимание, что файл примера, cy3.txt, не обеспечивается программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™.
```
cy3Data = imageneread('cy3.txt');
```
Постройте график среднего сигнала.
```
maimage(cy3Data,'Signal Mean');
```
Прочтите в выборке файла результатов ImaGene. Обратите внимание, что файл примера, cy5.txt, не обеспечивается программным обеспечением Bioinformatics Toolbox.
```
cy5Data = imageneread('cy5.txt');
```

Создайте логарифмический график медианы сигнала из двух файлов ImaGene Results.

sigMedianCol = find(strcmp('Signal Median',cy3Data.ColumnNames));
cy3Median = cy3Data.Data(:,sigMedianCol);
cy5Median = cy5Data.Data(:,sigMedianCol);
maloglog(cy3Median,cy5Median,'title','Signal Median');

См. также

gprread | ilmnbsread | maboxplot | maimage | sptread

Представлено до R2006a

Документация