Считайте данные из файла SPOT
SPOTData
= sptread(File
)
SPOTData
= sptread(File
,
'CleanColNames', CleanColNamesValue
)
File | Вектор символов или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл-ссылка является файлом в формате SPOT (текстовый файл ASCII). Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке MATLAB. |
CleanColNamesValue | Управляет использованием допустимых имен переменного MATLAB. |
читает SPOTData
= sptread(File
)File
, файл в формате SPOT и создает SPOTData
, структура MATLAB, содержащая следующие поля:
Header Data Blocks Columns Rows IDs ColumnNames Indices Shape
управляет использованием допустимых имен переменного MATLAB. Имена столбцов в файле с форматированием SPOT содержат периоды и некоторые символы, которые не могут использоваться в именах переменного MATLAB. Если вы планируете использовать имена столбцов как имена переменных в функции, используйте эту опцию с SPOTData
= sptread(File
,
'CleanColNames', CleanColNamesValue
)CleanColNames
установлено на true
и функция вернёт поле ColumnNames
с допустимыми именами переменной.
The Indices
поле структуры включает индексы, которые можно использовать для графического изображения тепловых карт данных.
Считайте в примере файла SPOT и постройте график медианной интенсивности переднего плана для канала 635 нм. Обратите внимание, что файл с примером spotdata.txt
не обеспечивается программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™.
spotStruct = sptread('spotdata.txt') maimage(spotStruct,'Rmedian');
Также можно создать аналогичный график с помощью более простых графических команд.
Rmedian = magetfield(spotStruct,'Rmedian'); imagesc(Rmedian(spotStruct.Indices)); colormap bone colorbar
affyread
| agferead
| celintensityread
| geoseriesread
| geosoftread
| gprread
| ilmnbsread
| imageneread
| maboxplot
| magetfield