Считайте данные из файла SPOT
SPOTData = sptread(File)
SPOTData = sptread(File,
'CleanColNames', CleanColNamesValue)
File | Вектор символов или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл-ссылка является файлом в формате SPOT (текстовый файл ASCII). Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке MATLAB. |
CleanColNamesValue | Управляет использованием допустимых имен переменного MATLAB. |
SPOTData = sptread(File)File, файл в формате SPOT и создает SPOTData, структура MATLAB, содержащая следующие поля:
Header Data Blocks Columns Rows IDs ColumnNames Indices Shape
управляет использованием допустимых имен переменного MATLAB. Имена столбцов в файле с форматированием SPOT содержат периоды и некоторые символы, которые не могут использоваться в именах переменного MATLAB. Если вы планируете использовать имена столбцов как имена переменных в функции, используйте эту опцию с SPOTData = sptread(File,
'CleanColNames', CleanColNamesValue)CleanColNames установлено на true и функция вернёт поле ColumnNames с допустимыми именами переменной.
The Indices поле структуры включает индексы, которые можно использовать для графического изображения тепловых карт данных.
Считайте в примере файла SPOT и постройте график медианной интенсивности переднего плана для канала 635 нм. Обратите внимание, что файл с примером spotdata.txt не обеспечивается программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™.
spotStruct = sptread('spotdata.txt')
maimage(spotStruct,'Rmedian');Также можно создать аналогичный график с помощью более простых графических команд.
Rmedian = magetfield(spotStruct,'Rmedian'); imagesc(Rmedian(spotStruct.Indices)); colormap bone colorbar
affyread | agferead | celintensityread | geoseriesread | geosoftread | gprread | ilmnbsread | imageneread | maboxplot | magetfield