Exponenta Banner

sptread

Считайте данные из файла SPOT

Синтаксис

SPOTData = sptread(File)
SPOTData = sptread(File, 'CleanColNames', CleanColNamesValue)

Аргументы

File

Вектор символов или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл-ссылка является файлом в формате SPOT (текстовый файл ASCII). Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке MATLAB.

CleanColNamesValue

Управляет использованием допустимых имен переменного MATLAB.

Описание

SPOTData = sptread(File) читает File, файл в формате SPOT и создает SPOTData, структура MATLAB, содержащая следующие поля:

Header
Data
Blocks
Columns
Rows
IDs
ColumnNames
Indices
Shape

SPOTData = sptread(File, 'CleanColNames', CleanColNamesValue) управляет использованием допустимых имен переменного MATLAB. Имена столбцов в файле с форматированием SPOT содержат периоды и некоторые символы, которые не могут использоваться в именах переменного MATLAB. Если вы планируете использовать имена столбцов как имена переменных в функции, используйте эту опцию с CleanColNames установлено на true и функция вернёт поле ColumnNames с допустимыми именами переменной.

The Indices поле структуры включает индексы, которые можно использовать для графического изображения тепловых карт данных.

Примеры

  1. Считайте в примере файла SPOT и постройте график медианной интенсивности переднего плана для канала 635 нм. Обратите внимание, что файл с примером spotdata.txt не обеспечивается программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™.

    spotStruct = sptread('spotdata.txt')
maimage(spotStruct,'Rmedian');

  2. Также можно создать аналогичный график с помощью более простых графических команд.

    Rmedian = magetfield(spotStruct,'Rmedian');
imagesc(Rmedian(spotStruct.Indices));
colormap bone
colorbar

См. также

| | | | | | | | |

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка