ilmnbsread

Считайте данные экспрессии генов, экспортированные из программного обеспечения Illumina BeadStudio

Синтаксис

IlmnStruct = ilmnbsread(File) IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'Columns', ColumnsValue, ...) IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...) IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...)

Входные параметры

`File`	Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла с разделителем табуляций или выражение, разделенное запятыми файла данных экспортируются из Illumina^® BeadStudio™ программное обеспечение. Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB^® путь поиска файлов или в текущей папке.
`ColumnsValue`	Массив ячеек, который задает имена столбцов для чтения. По умолчанию это все имена столбцов.
`HeaderOnlyValue`	Управляет населением только `Header`, `ColumnNames`, и `TextColumnNames` поля в `IlmnStruct`. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).
`CleanColNamesValue`	Управляет преобразованием любого `ColumnNames` содержащие пространства или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменного MATLAB, для допустимых имен переменного MATLAB. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

IlmnStruct

Структура MATLAB, содержащая данные, экспортированные из программного обеспечения Illumina BeadStudio.

Описание

IlmnStruct = ilmnbsread(File) читает Fileфайл данных выражений, разделенных табуляцией или запятыми, экспортированный из программного обеспечения Illumina BeadStudio и создающий IlmnStruct, структуру MATLAB, содержащую следующие поля.

Область	Описание
`Header`	Вектор символов, содержащий описание данных.
`TargetID`	Массив ячеек, содержащий уникальные идентификаторы для мишеней на микромассиве экспрессии гена Illumina.
`ColumnNames`	Массив ячеек, содержащий имена столбцов, содержащих числовые данные в файле с разделителем табуляций, экспортированном из программного обеспечения Illumina BeadStudio.
`Data`	Матрица, содержащая данные числовых микромассивов для каждой мишени на микромассиве экспрессии гена Illumina. Примечание `ColumnNames` и `Data` иметь одинаковое число столбцов.
`TextColumnNames`	Массив ячеек, содержащий имена столбцов, содержащих нечисловые данные в файле с разделителем табуляций, экспортированном из программного обеспечения Illumina BeadStudio. Это поле может быть пустым.
`TextData`	Массив ячеек, содержащий нечисловые данные микромассивов (такие как аннотации) для каждой мишени в микромассиве экспрессии гена Illumina. Это поле может быть пустым. Примечание `TextColumnNames` и `TextData` иметь одинаковое число столбцов.

IlmnStruct = ilmnbsread (File... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает ilmnbsread с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'Columns', ColumnsValue, ...) считывает данные только из столбцов, заданных ColumnsValue, массив ячеек с именами столбцов. Поведением по умолчанию является чтение данных из всех столбцов.

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...) управляет населением только Header, ColumnNames, и TextColumnNames поля в IlmnStruct. Варианты true или false (по умолчанию).

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...) управляет преобразованием любых ColumnNames содержащие пространства или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменного MATLAB, для допустимых имен переменного MATLAB. Варианты true или false (по умолчанию).

Совет

Используйте 'CleanColNames' свойство, если вы планируете использовать ColumnNames поле как имена переменных.

Примеры

Примечание

Файл экспрессии генов, TumorAdjacent-probe-raw.txt используемый в следующем примере не обеспечивается программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™.

Считайте содержимое файла с разделителем табуляций, экспортированного из программного обеспечения Illumina BeadStudio в структуру MATLAB.

ilmnStruct = ilmnbsread('TumorAdjacent-probe-raw.txt')

ilmnStruct = 

             Header: [1x1 struct]
           TargetID: {22184x1 cell}
        ColumnNames: {1x37 cell}
               Data: [22184x37 double]
    TextColumnNames: {1x23 cell}
           TextData: {22184x23 cell}

См. также

Введенный в R2008a

Документация