Нормализуйте данные микромассивов
XNorm = manorm(X)
XNorm = manorm(MAStruct, FieldName)
[XNorm, ColVal]
= manorm(...)
manorm(..., 'Method', MethodValue,
...)
manorm(..., 'Extra_Args', Extra_ArgsValue,
...)
manorm(..., 'LogData', LogDataValue,
...)
manorm(..., 'Percentile', PercentileValue,
...)
manorm(..., 'Global', GlobalValue,
...)
manorm(..., 'StructureOutput', StructureOutputValue,
...)
manorm(..., 'NewColumnName', NewColumnNameValue,
...)
X | Числовой массив или объект DataMatrix микромассива данных. |
MAStruct | Структура микромассивов. |
FieldName | Поле. |
XNorm = manorm(X)X, числовой массив или объект DataMatrix данных микромассивов, путем деления на среднюю интенсивность столбца. XNorm является вектором, матрицей или объектом DataMatrix нормализованных данных микромассивов.
XNorm = manorm(MAStruct, FieldName)MAStruct, структура микромассива, для поля, заданного FieldNameдля каждого блока или оголовка печати путем деления каждого блока на среднюю интенсивность столбца. Выходы являются матрицей с каждым столбцом, соответствующим нормализованным данным для каждого блока.
[ возвращает значения, используемые для нормализации данных.XNorm, ColVal]
= manorm(...)
манорм (..., вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)manorm с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
manorm(..., 'Method', позволяет вам выбрать метод масштабирования или центрирования данных. MethodValue,
...)MethodValue можно 'Mean'(по умолчанию), 'Median', 'STD' (стандартное отклонение), 'MAD' (среднее абсолютное отклонение) или указатель на функцию. Если вы передаете указатель на функцию, то функция должна игнорировать NaNs и должна возвращать одно значение на столбец входных данных.
manorm(..., 'Extra_Args', позволяет передавать дополнительные аргументы в функцию Extra_ArgsValue,
...)MethodValue. Extra_ArgsValue должен быть массивом ячеек.
manorm(..., 'LogData', , когда LogDataValue,
...)LogDataValue является true, работает с данными журналами отношении, в этом случае среднее (или MethodValue) каждого столбца вычитается из значений в столбцах, вместо деления столбца на нормализующее значение.
manorm(..., 'Percentile', использует только процентиль (PercentileValue,
...)PercentileValue) данных, препятствующих перекосу нормализации большими выбросами. Если PercentileValue является вектором, содержащим два значения, затем область значений от PercentileValue(1) процентиль к PercentileValue(2) Используют процентиль. Значение по умолчанию 100, то есть использовать все данные в наборе данных.
manorm(..., 'Global', когда GlobalValue,
...)GlobalValue является true, нормализует значения в наборе данных глобальным средним значением (или MethodValue) данных, в отличие от нормализации каждого столбца или блока данных независимо.
manorm(..., 'StructureOutput', , когда StructureOutputValue,
...)StructureOutputValue является trueвходные данные являются структурой, возвращающей структуру входа с дополнительным полем данных для нормализованных данных.
manorm(..., 'NewColumnName', , при использовании NewColumnNameValue,
...)StructureOutput, позволяет вам задать имя столбца, который добавляется к списку ColumnNames в структуре. Поведение по умолчанию является префиксом 'Block Normalized' на FieldName.
maStruct = gprread('mouse_a1wt.gpr');
% Extract some data of interest.
Red = magetfield(maStruct,'F635 Median');
Green = magetfield(maStruct,'F532 Median');
% Create a log-log plot.
maloglog(Red,Green,'factorlines',true)
% Center the data.
normRed = manorm(Red);
normGreen = manorm(Green);
% Create a log-log plot of the centered data.
figure
maloglog(normRed,normGreen,'title','Normalized','factorlines',true)
% Alternatively, you can work directly with the structure
normRedBs = manorm(maStruct,'F635 Median - B635');
normGreenBs = manorm(maStruct,'F532 Median - B532');
% Create a log-log plot of the centered data. This includes some
% zero values so turn off the warning.
figure
w = warning('off','Bioinfo:maloglog:ZeroValues');
warning('off','Bioinfo:maloglog:NegativeValues');
maloglog(normRedBs,normGreenBs,'title',...
'Normalized Background-Subtracted Median Values',...
'factorlines',true)
warning(w);affyinvarsetnorm | maboxplot | magetfield | mainvarsetnorm | mairplot | maloglog | malowess | quantilenorm | rmasummary