Вычислите свойства последовательности олигонуклеотида ДНК
SeqProperties = oligoprop(SeqNT)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Salt', SaltValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Temp', TempValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Primerconc', PrimerconcValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'HPBase', HPBaseValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'HPLoop', HPLoopValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Dimerlength', DimerlengthValue, ...)
SeqNT | Последовательность олигонуклеотидов ДНК, представленная любым из следующих:
|
SaltValue | Значение, которое определяет концентрацию соли в молях/литре для вычисления температуры плавления. По умолчанию это 0.05 молей/литр. |
TempValue | Значение, которое задает температуру в степенях Цельсия для ближайших соседних вычислений свободной энергии. По умолчанию это 25 степени Цельсия. |
PrimerconcValue | Значение, которое определяет концентрацию в молях/литре для вычисления температуры плавления. По умолчанию это 50e-6 молей/литр. |
HPBaseValue | Значение, которое задает минимальное количество парных основ, образующих шейку шпильки. По умолчанию это 4 базовые пары. |
HPLoopValue | Значение, которое задает минимальное количество основ, образующих цикл шпильки. По умолчанию это 2 основы. |
DimerlengthValue | Значение, которое задает минимальное количество выровненных основ между последовательностью и ее обратной. По умолчанию это 4 основы. |
SeqProperties | Структура, содержащая свойства последовательности для олигонуклеотида ДНК. |
SeqProperties = oligoprop(SeqNT)
| Область | Описание |
|---|---|
GC | Процент содержимого GC в ДНК. Неоднозначные N символы в SeqNT считаются потенциально любыми нуклеотидами. Если SeqNT содержит неоднозначные N символы, GC является средним значением, и его неопределенность выражается GCdelta. |
GCdelta | Переменное различие между GC (среднее значение) и максимальное или минимальное значение GC может предположить. Максимальное и минимальное значения вычисляются путем принятия всех N символы являются G/C или не G/C, соответственно. Поэтому GCdelta определяет возможную область значений содержимого GC. |
Hairpins | H-по длине матрица символов, отображающих все потенциальные структуры шпильки для последовательности SeqNT. Каждая строка является потенциальной структурой шпильки последовательности с образующими шпильки нуклеотидами, обозначенными заглавными буквами. H - количество потенциальных структур шпильки для последовательности. Неоднозначные N символы в SeqNT считаются потенциально дополняющими любой нуклеотид. |
Dimers | D-по длине матрица символов, отображающих все потенциальные димеры для последовательности SeqNT. Каждая строка является потенциальным димером последовательности с самодимеризующимися нуклеотидами, обозначенными заглавными буквами. D количество потенциальных димеров для последовательности. Неоднозначные N символы в SeqNT считаются потенциально дополняющими любой нуклеотид. |
MolWeight | Молекулярная масса олигонуклеотида ДНК. Неоднозначные N символы в SeqNT считаются потенциально любыми нуклеотидами. Если SeqNT содержит неоднозначные N символы, MolWeight является средним значением, и его неопределенность выражается MolWeightdelta. |
MolWeightdelta | Переменное различие между MolWeight (среднее значение) и максимальное или минимальное значение MolWeight может предположить. Максимальное и минимальное значения вычисляются путем принятия всех N символы G или C, соответственно. Поэтому MolWeightdelta определяет возможную область значений молекулярного веса для SeqNT. |
Tm | Вектор со значениями температуры плавления в степенях Цельсия, рассчитанный шестью различными методами, перечисленными в следующем порядке:
Неоднозначные |
Tmdelta | Вектор, содержащий различия между Tm (среднее значение) и максимальное или минимальное значение Tm можно предположить для каждого из шести методов. Поэтому Tmdelta определяет возможную область значений температур плавления для SeqNT. |
Thermo |
Строки соответствуют параметрам ближайшего соседа из:
Столбцы соответствуют:
N символы в SeqNT считаются потенциально любыми нуклеотидами. Если SeqNT содержит неоднозначные N символы, Thermo является средним значением, и его неопределенность выражается Thermodelta. |
Thermodelta | 4-by- 3 матрица, содержащая различия между Thermo (среднее значение) и максимальное или минимальное значение Thermo может предположить для каждого вычисления и метода. Поэтому Thermodelta определяет возможную область значений термодинамических значений для SeqNT. |
SeqProperties = олигопроп (SeqNT... 'PropertyName', PropertyValue, ...)oligoprop с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
определяет концентрацию соли в молях/л для вычисления температуры плавления. По умолчанию это SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Salt', SaltValue, ...)0.05 молей/литр.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Temp', TempValue, ...)25 степени Цельсия.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Primerconc', PrimerconcValue, ...)50e-6 молей/литр.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'HPBase', HPBaseValue, ...)4 базовые пары.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'HPLoop', HPLoopValue, ...)2 основы.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Dimerlength', DimerlengthValue, ...)4 основы.
Создайте случайную последовательность.
seq = randseq(25) seq = TAGCTTCATCGTTGACTTCTACTAA
Вычислите свойства последовательности.
S1 = oligoprop(seq)
S1 =
GC: 36
GCdelta: 0
Hairpins: [0x25 char]
Dimers: 'tAGCTtcatcgttgacttctactaa'
MolWeight: 7.5820e+003
MolWeightdelta: 0
Tm: [52.7640 60.8629 62.2493 55.2870 54.0293 61.0614]
Tmdelta: [0 0 0 0 0 0]
Thermo: [4x3 double]
Thermodelta: [4x3 double]Перечислите термодинамические вычисления для последовательности.
S1.Thermo ans = -178.5000 -477.5700 -36.1125 -182.1000 -497.8000 -33.6809 -190.2000 -522.9000 -34.2974 -191.9000 -516.9000 -37.7863
Вычислите свойства последовательности ACGTAGAGGACGTN.
S2 = oligoprop('ACGTAGAGGACGTN')
S2 =
GC: 53.5714
GCdelta: 3.5714
Hairpins: 'ACGTagaggACGTn'
Dimers: [3x14 char]
MolWeight: 4.3329e+003
MolWeightdelta: 20.0150
Tm: [38.8357 42.2958 57.7880 52.4180 49.9633 55.1330]
Tmdelta: [1.4643 1.4643 10.3885 3.4633 0.2829 3.8074]
Thermo: [4x3 double]
Thermodelta: [4x3 double]
Перечислите потенциальные димеры для последовательности.
S2.Dimers ans = ACGTagaggacgtn ACGTagaggACGTn acgtagagGACGTN
[1] Breslauer, K.J., Frank, R., Blöcker, H. and Marky, L.A. (1986). Предсказание ДНК устойчивости дуплекса из основной последовательности. Труды Национальной академии наук США 83, 3746-3750.
[2] Chen, S.H., Lin, C.Y., Cho, C.S., Lo, C.Z., and Hsiung, C.A. (2003). Primer Проекта Assistant (PDA): веб- Design Tool праймера. Исследования нуклеиновых кислот 31 (13), 3751-3754.
[3] Howley, PM, Israel, M.A., Закон, М. и Мартин, М. А. (1979). Быстрый метод обнаружения и отображения гомологии между гетерологичными ДНК. Оценка геномов полиомавирусов. Журнал биологической химии 254 (11), 4876-4883.
[4] Marmur, J. and Doty, P. (1962). Определение базового состава дезоксирибонуклеиновой кислоты от температуры ее тепловой денатурации. Журнал Молекулярная биология 5, 109-118.
[5] Панджкович, А., и Мело, Ф. (2005). Сравнение различных методов вычисления температуры плавления для коротких последовательностей ДНК. Биоинформатика 21 (6), 711-722.
[6] Санта-Люсия-младший, J., Allawi, H.T., and Seneviratne, P.A. (1996). Улучшенные параметры ближайшего соседа для предсказания устойчивости ДНК. Биохимия 35, 3555-3562.
[7] Санта-Люсия-младший, J. (1998). Унифицированное представление полимера, гантели и олигонуклеотидной ДНК ближайшей соседней термодинамики. Материалы Национальной академии наук США 95, 1460-1465.
[8] Sugimoto, N., Nakano, S., Yoneyama, M. and Honda, K. (1996). Улучшенные термодинамические параметры и коэффициент инициации спирали для предсказания устойчивости ДНК дуплекса. Исследования нуклеиновых кислот 24 (22), 4501-4505.
[9] http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html для вычисления веса.