randseq

Сгенерируйте случайную последовательность из конечного алфавита

Синтаксис

Seq = randseq(SeqLength)
Seq = randseq(SeqLength, ...'Alphabet', AlphabetValue, ...)
Seq = randseq(SeqLength, ...'Weights', WeightsValue, ...)
Seq = randseq(SeqLength, ...'FromStructure', FromStructureValue, ...)
Seq = randseq(SeqLength, ...'Case', CaseValue, ...)
Seq = randseq(SeqLength, ...'DataType', DataTypeValue, ...)

Аргументы

SeqLengthЦелое число, которое задает количество нуклеотидов или аминокислот в случайной последовательности.
AlphabetValue

Вектор символов или строка, которая задает алфавит для последовательности. Варианты 'dna'(по умолчанию), 'rna', или 'amino'.

WeightsValue

Свойство для задания взвешенной случайной последовательности.

FromStructureValue

Свойство для задания взвешенной случайной последовательности с помощью структур output из функций basecount, dimercount, codoncount, или aacount.

CaseValue

Вектор символов, которая задает случай букв в последовательности при Alphabet является 'char'. Варианты 'upper' (по умолчанию) или 'lower'.

DataTypeValue

Вектор символов или строка, которая задает тип данных для последовательности. Варианты 'char'(по умолчанию) для буквенных последовательностей и 'uint8' или 'double' для числовых последовательностей.

Создает последовательность как массив DataType.

Описание

Seq = randseq(SeqLength) создает случайную последовательность с длиной, заданной SeqLength.

Seq = randseq (SeqLength... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает randseq с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

Seq = randseq(SeqLength, ...'Alphabet', AlphabetValue, ...) генерирует последовательность из определенного алфавита.

Seq = randseq(SeqLength, ...'Weights', WeightsValue, ...) создает взвешенную случайную последовательность, где iвыбирается 1-я буква алфавита последовательности с весом W(i). Вектор веса обычно является вектором вероятностей или вектором отсчета частот. Обратите внимание, что iI элемент нуклеотидного алфавита задается int2nt(i), и iПервый элемент аминокислотного алфавита описывается следующим образом int2aa(i).

Seq = randseq(SeqLength, ...'FromStructure', FromStructureValue, ...) создает взвешенную случайную последовательность с весами, заданными структурой output из basecount, dimercount, codoncount, или aacount.

Seq = randseq(SeqLength, ...'Case', CaseValue, ...) задает регистр для последовательности букв.

Seq = randseq(SeqLength, ...'DataType', DataTypeValue, ...) задает тип данных для массива последовательности.

Примеры

Сгенерируйте случайную последовательность ДНК.

randseq(20)

ans =
TAGCTGGCCAAGCGAGCTTG

Сгенерируйте случайную последовательность РНК.

randseq(20,'alphabet','rna')

ans = 
GCUGCGGCGGUUGUAUCCUG

Сгенерируйте случайную последовательность белка.

randseq(20,'alphabet','amino')

ans =
DYKMCLYEFGMFGHFTGHKK

См. также

| | |

Представлено до R2006a