ntdensity
Постройте график плотности нуклеотидов вдоль последовательности
Синтаксис
ntdensity(SeqNT)
Density = ntdensity(SeqNT)
... = ntdensity(..., 'Window', WindowValue,
...)
[Density, HighCG]
= ntdensity(..., 'CGThreshold', CGThresholdValue,
...)
Аргументы
SeqNT | Одно из следующих:
Примечание Хотя можно представить последовательность с нуклеотидами, отличными от |
WindowValue | Значение, задающее длину окна для вычисления плотности. По умолчанию это |
CGThresholdValue | Управляет возвратом индексов для областей, где |
Описание
ntdensity( строит графики плотности нуклеотидов SeqNT)A, C, G, и T последовательно SeqNT.
Density = ntdensity(SeqNT)A, C, G, и T.
... = ntdensity вызывает (SeqNT... 'PropertyName', PropertyValue, ...)ntdensity с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
... = ntdensity(..., 'Window', использует окно длины WindowValue,
...)WindowValue для расчета плотности. Значения по умолчанию WindowValue - длина .(SeqNT)/20
[ возвращает индексы для областей, где Density, HighCG]
= ntdensity(..., 'CGThreshold', CGThresholdValue,
...)CG содержимое SeqNT больше CGThresholdValue. Значения по умолчанию CGThresholdValue является 5.
Примеры
Создайте случайный вектор символов, чтобы представлять нуклеотидную последовательность.
s = randseq(1000, 'alphabet', 'dna');
Постройте график плотности нуклеотидов вдоль последовательности.
ntdensity(s)
См. также
basecount | codoncount | cpgisland | dimercount | filter